Topic description
Les agrumes sont cultivés dans plusieurs pays aux climats tropicaux et subtropicaux, où ils font face à des défis sérieux tels que le manque d'eau, l'incidence de pathogènes et la demande croissante de produits agricoles à haute valeur nutritionnelle. Pour éviter l'impact de ces stress et améliorer la qualité des fruits, les systèmes agricoles modernes utilisent des stratégies qui entraînent une forte érosion de la diversité génétique et une dégradation rapide de la santé des écosystèmes. Il est donc impératif de repenser l'agriculture et les méthodes d'amélioration, en tenant compte du développement rapide de nouvelles technologies telles que l'édition du génome (e.g. CRISPR-Cas9). Ainsi, l'édition du génome offre de nouvelles possibilités pour surmonter les limitations de l'amélioration conventionnelle en générant de nouveaux allèles pour le gène cible directement dans des variétés élites, raccourcissant la durée de la sélection et évitant les générations de rétrocroisements classiquement réalisées. L'édition du génome est associée à la transformation génétique et à la culture de tissus, qui, en fonction de la plante utilisée, peuvent présenter des obstacles techniques, les méthodes choisies dépendant de divers facteurs tels que le type d'explant ou les génotypes d'agrumes utilisés. Par conséquent, l'objectif général du projet de thèse sera de participer à la mise en place d'un protocole d'édition du génome chez les agrumes, et de faire une preuve de concept, à partir de quelques gènes (de 1 à 3) présélectionnés (associés à la susceptibilité/résistance à l'alternariose, à la tolérance au stress hydrique, et/ou à la qualité du fruit), de l'utilisation de cette technique pour des études fonctionnelles en amont de l'amélioration variétale chez les agrumes.
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Citrus plants are cultivated in several countries with tropical and subtropical climates where they face serious challenges such as water unavailability, incidence of pathogens, and increasing demand for agricultural products with high nutritional value. To avoid the impact of these stresses and improve fruit quality, modern agricultural systems rely on strategies that lead to a strong erosion of genetic diversity and a rapid degradation of ecosystem health. Therefore, it is imperative to rethink agriculture and breeding methods, taking into account the rapid development of new tools such as genome editing (e.g. use of CRISPR-Cas9). Thus, genome editing offers new possibilities to overcome the limitations of conventional breeding by generating new alleles for the target gene directly in elite varieties, shortening the selection duration and avoiding classically performed backcross generations. Genome editing is associated with genetic transformation and tissue culture, which, depending on the plant used, may present technical bottlenecks since the methods chosen depend on several factors, including the type of explant or the citrus genotypes used. Therefore, the overall objective of the thesis project will be to contribute to the establishment of a genome editing protocol in citrus and to provide a proof of concept using a few preselected genes (from 1 to 3 associated with susceptibility/resistance to alternaria brown spot, tolerance to water stress, and/or fruit quality) to demonstrate the use of this technique for upstream functional studies prior to citrus breeding.
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Début de la thèse : 01/10/
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