Description entreprise :
L'Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l'ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l'innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.
Rejoindre l'Inserm, c'est intégrer un institut engagé pour la parité et l'égalité professionnelle, la diversité et l'accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l'Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.
L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.
Description du poste :
Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - U 1219 dirigée par M. Rodolphe THIEBAUD
A propos de la structure
Le centre Bordeaux Population Health (BPH, U1219 Univ. Bordeaux - Inserm), l'un des principaux centres de recherche en santé des populations en France, comprend 10 équipes (~500 personnes) travaillant sur des thématiques diverses en santé publique, avec 5 domaines transversaux d'excellence: (i) santé cérébrale tout au long de la vie; (ii) science des données (IA, épidémiologie moléculaire, cohortes longitudinales, bases médico-administratives); (iii) maladies infectieuses et santé globale; (iv) vieillissement et résilience; (v) déterminants environnementaux et sociaux de santé.
Missions principales
Nous recherchons un ingénieur en Génie Logiciel pour contribuer au développement et à l'évolution du projet DTR (Data To Research), une plateforme web innovante de gestion et d'analyse avancés de données scientifiques de santé. Ce projet s'inscrit dans les activités de l'équipe SISTM (Statistics in Systems Biology and Translational Medicine), spécialisée dans les méthodes avancées en science des données appliquées à la santé publique, la vaccinologie et l'immunologie.
Le projet DTR vise à concevoir une nouvelle génération de plateforme web-based, plus modulaire, sécurisée et conforme RGPD/CNIL, inspirée du fonctionnement de la plateforme LabKey, tout en y intégrant des fonctionnalités avancées et plus adapté aux besoins de l'équipe. LabKey est une plateforme (Interface de Data Warehouse) utilisée actuellement au sein de l'équipe pour la gestion et l'analyse de grandes quantités de données biomédicales. Il permet de stocker, organiser et partager des données complexes tout en assurant leur sécurité et leur conformité réglementaire. En tant que plateforme modulaire, LabKey offre une flexibilité dans l'intégration et l'analyse des données scientifiques.
1) Le candidat participera activement à la conception et au développement des nouvelles fonctionnalités de la plateforme DTR, tout en veillant à renforcer sa sécurité et sa conformité pour répondre aux exigences croissantes de l'équipe de recherche. Et assurer la bonne migration d'utilisateurs sur la nouvelle plateforme avec une planification rigoureuse et documentée.
2) Le candidat devra maintenir et assurer le bon fonctionnement de notre infrastructure actuelle de gestion des données, basée sur la plateforme LabKey. Et participer à la réflexion méthodologique sur le stockage / partage et utilisation des données de l'équipe.
Rédiger des plans de procédures
Assurer le classement et l'archivage des documents.
Il interagira également avec les chercheurs/Ingénieurs pour comprendre leurs besoins, identifier les solutions adaptées, et implémenter les fonctionnalités nécessaires pour faciliter l'analyse des données et la collaboration scientifique. Le candidat bénéficiera d'un environnement très attractif avec des moyens de calcul et des collaborations étroites avec des mathématiciens et informaticiens (des centres de recherche INRIA et INSERM) et des immunologistes (en particulier du Labex Vaccine Research Institute). Ce rôle nécessitera des compétences solides en développement informatique, notamment en conception de systèmes informatiques sécurisés et performants, ainsi qu'une compréhension des enjeux RGPD/CNIL en santé publique.
Activités principales
Analyse des besoins
Développements applicatifs
Déploiement d'applications
Collaboration avec la DSI
Assurer la maintenance évolutive de la plateforme
Profil recherché :
Connaissances
Développement Full Stack (Java, ReactJS, Python, Docker).
Connaissances solides des patterns designs, et du design des systèmes informatiques orientés data.
Connaissances en environnements de calcul haute performance (HPC)
Maintenance du service Labkey actuel et assurer la bonne migration des données.
Système UNIX
Connaissances avancées de l'environnement Docker.
Savoir-faire
Stack : Java Spring Boot, ReactJS, Python (FastAPI), Bash
Systèmes Linux / UNIX / SSH.
Conteneurisation : Docker, ou Podman, ou OpenShift
CI/CD : Ansible/Jenkins, Gitlab CI, Crontab, Nginx Proxy, Systemd
Notions de sécurité/Gestion de rôles : Spring security, CSP, CSRF, XSS
Gestion de bases de données (PostgreSQL et MongoDB)
Bonnes connaissances en CI/CD, Protocoles réseaux TCP/HTTP, et RGPD/CNIL.
Aptitudes
Rigueur
Autonomie
Esprit d'équipe
Esprit critique et capacité à résoudre les problèmes
Français et Anglais scientifique et technique : oral et écrit
Expériences souhaitées
Débutant acceptés
Expérience en gestion de base de données dans le secteur de santé publique, en statistiques ou en développement applicatif seront appréciés.
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