Stage ingénieur h/f

L'objectif de ce stage ingénieur sera de mettre en place un protocole complet de traitement d’image afin d’étudier des séquences vidéo de microscopie optique de fluorescence acquises dans le cadre de l’étude in vitro de cultures cellulaires modèles de tumeurs (fibroblastomes, tumeurs NF1). La finalité de cette étude serait de mieux comprendre comment interagissent les différents types cellulaires mis en présence, que ce soit dans une configuration saine ou pathologique.

Pour cela, plusieurs logiciels de référence dans ce domaine seront testés pour mettre en place un protocole complet de traitement allant de la gestion des formats vidéo (entrées / sorties -import vidéo, export d’images), le prétraitement de séquences (corrections de mouvements, stabilisation, correction de biais, etc.) jusqu’à l’analyse cellulaire par des méthodes de segmentation par apprentissage profond -deep learning- (segmentation cellulaire, suivi temporel, etc.) :

* Fiji : https://fiji.sc/
* Icy (Institut Pasteur) : https://icy.bioimageanalysis.org/
* CellProfiler : https://cellprofiler.org/

Une étude des méthodes de l'état de l'art utilisées pour traiter des séquences vidéo, réaliser des segmentations sémantique et d'instance cellulaire sera réalisée en se concentrant sur les techniques de Deep Learning (Cellpose [1], architectures U-Net [2], etc.).

Les données du projet seront mises à disposition par le partenaire de l’Institut Mondor de Recherche Biomédicale expert dans ce domaine. Une base de données vidéo de référence sera constituée et les solutions logicielles identifiées seront testées afin d’évaluer leur performance sur les données du projet. Le développement de tels outils ouvrira des perspectives d'application dans un cadre de développement et de test d’efficacité de nouvelles thérapies.

Vous aurez accès à des ressources computationnelles adaptées au projet (station de travail, moyens de calcul intensif CPU/GPU voire cluster de calcul).