Ce projet de thèse s’inscrit dans le programme PAPALIM - Biological and societal impacts of the food transition in Papua New Guinea
Le cadre du projet PAPALIM
Notre alimentation est à l'interface entre notre biologie et notre société. Cet équilibre, hérité de milliers d'années de coévolution, est aujourd'hui en pleine transition, sous l'effet du changement climatique et de l'industrialisation. Ce phénomène est particulièrement marqué dans les pays du Sud, impactant la santé et la structure sociale de ces populations. À ce titre, la Papouasie-Nouvelle-Guinée (PNG) constitue un cas exceptionnel, étant dans l'histoire de l'humanité l'un des rares berceaux de l'agriculture, s'appuyant sur une biodiversité unique au monde et ayant nourri pendant des millénaires une population d'une incomparable diversité culturelle et biologique. Mais aujourd'hui, la PNG, l'un des pays les plus pauvres du monde, connaît une forte acculturation et une augmentation des maladies liées à la malnutrition.
Le projet PAPALIM adopte une approche résolument « inter-sciences », combinant les expertises complémentaires en génétique humaine et en microbiologie du CRBE (UT3), avec celles en anthropologie et sociologie nutritionnelles du CERTOP (UT2). Ses objectifs sont : (i) explorer les interactions biologiques et sociétales entre les populations de Papouasie-Nouvelle-Guinée et leur alimentation traditionnelle ; (ii) caractériser l’impact de la transition alimentaire sur la santé et la socialisation des populations ; (iii) proposer une synthèse bioculturelle des relations entre les populations et leur alimentation, éclairant ainsi les politiques de santé publique du pays. Le projet PAPALIM s’inscrit au cœur des trois piliers thématiques de TIRIS, avec l’ambition de fédérer des axes forts présents sur le site toulousain, dans le cadre de deux thèses de doctorat, afin de faire émerger un nouveau réseau de compétences scientifiques pluridisciplinaires sur les régimes alimentaires des pays du Sud.
PAPALIM propose deux allocations doctorales qui seront conduites en parallèle.
Le présent projet étudiera les mécanismes biologiques des interactions entre le génome humain, le microbiome et le régime alimentaire, en utilisant la biodiversité exceptionnelle de la Papouasie-Nouvelle-Guinée (PNG) comme cas d’étude. La PNG abrite l'une des plus riches diversités florales du monde, utilisée comme principale ressource alimentaire par les populations depuis 50 000 ans. Comment l'alimentation a-t-elle façonné le microbiome et le génome humain en PNG ? Dans quelle mesure le passage récent à une alimentation urbaine peut-il entraîner des maladaptations ?
Le/la doctorant/e étudiera les génomes, les microbiomes et les régimes alimentaires de 300 individus ruraux de PNG de deux régions différentes (hautes terres/basses terres) et de 50 individus urbains de PNG. Le/la doctorant/e définira des variants génétiques et des taxons microbiens adaptés au régime alimentaire de PNG et caractérisera l'influence des régimes alimentaires urbains. Ce projet doctoral adopte une approche multidisciplinaire, combinant génétique des populations, génomique fonctionnelle, microbiologie, santé et anthropologie de l’alimentation, plaçant le doctorant recruté au centre d'un réseau international d'expertise. Compte tenu des changements environnementaux actuels et de l'urbanisation rapide, le projet doctoral apportera des découvertes importantes touchant la question de l'alimentation durable, et proposera un cadre extensible à d'autres populations des régions tropicales.
Contexte de travail
Ce projet de thèse est inscrit à l’école doctorale SEVAB (Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries) de l’Université de Toulouse Paul Sabatier. Le doctorant sera co-encadré par Dr François-Xavier Ricaut et Dr Nicolas Brucato du laboratoire CRBE (UMR5300, Toulouse). Dans le cadre du programme PAPALIM financé par TIRIS Scaling-Up, la thèse se fera en collaboration avec un.e docotrant.e en Anthropologie de l’Alimentation encadré.e par Dr Anne Dupuy et Dr Jean-Pierre Poulain du CERTOP (UMR5044), Université Jean Jaurès. Le suivi de l'avancement des recherches se fera par l'organisation de réunions hebdomadaires entre le/la doctorant/e et les directeurs de thèse. Ces réunions incluront ponctuellement d’autres membres de l’équipe (postdoc, master). Les analyses bioinformatiques se feront en interaction avec les membres de l’équipe, en particulier en début de projet.
Contraintes et risques
Le poste est basé à Toulouse et le contrat est d’une durée de 3 ans.
Permis B obligatoire.
Des déplacements sont prévus dans le cadre de la recherche en Papouasie Nouvelle Guinée et en Malaisie.
En cas d'impossibilité de mener des travaux de terrain en Papouasie-Nouvelle-Guinée (instabilité politique, Covid-19), les données anthropologiques et biologiques seront collectées par nos collaborateurs locaux. Afin que les deux projets de thèse puissent démarrer dans les meilleures conditions possibles, des données biologiques préliminaires (n = 100 génomes et microbiomes oraux) et anthropologiques (n = 100 questionnaires) sont d'ores et déjà disponibles. L'expérience de terrain en Papouasie-Nouvelle-Guinée des responsables CRBE du projet, l'expertise et la complémentarité de l'équipe (CRBE-CERTOP-CAM-UPNG), ainsi que les données déjà disponibles, garantiront le succès du projet.
En cliquant sur "JE DÉPOSE MON CV", vous acceptez nos CGU et déclarez avoir pris connaissance de la politique de protection des données du site jobijoba.com.