Bioinformaticien / bioinformaticienne (h/f)

Bioinformaticien-ne (CDD)
Optimisation d'un pipeline en métabarcoding pour la caractérisation moléculaire de macro-organismes

Environnement de travail, missions et activités
Vous rejoindrez la plateforme IDMABIO de l'unité Institut Sophia Agrobiotech (ISA), dédiée au développement de méthodes de caractérisation moléculaire pour la lutte biologique. La plateforme propose plusieurs services : barcoding ADN, génotypage de microsatellites, amplification par amorces spécifiques. Ces travaux sont menés en collaboration étroite avec le plateau Bioinformatique et Génomique (BIG) de l'unité.
Dans le cadre du développement du service de caractérisation moléculaire des macro-organismes, nous recherchons un-e bioinformaticien-ne pour optimiser un pipeline d'analyse de métagénomique ciblée.

Missions principales :
1. Optimiser et automatiser le pipeline d'assignation taxonomique existant, basé sur des données de metabarcoding (COI). L'étape de démultiplexage devra faire l'objet d'un développement dédié.
2. Développer une interface conviviale et accessible pour les utilisateurs non bioinformaticiens de la plateforme.
3. Automatiser la génération de rapports d'analyse pour standardiser et simplifier l'interprétation des résultats.

Formation et compétences recherchées
Formation : Master 2 ou expérience équivalente en bioinformatique
Compétences :
- Expérience en analyse de données de séquençage haut débit, idéalement en métabarcoding (16S, ITS, COI, etc.)
- Connaissance des outils bioinformatiques standards du domaine : DADA2, QIIME2, BLAST, etc.
- Langages de programmation : Python, R, Bash.
- Bonne connaissance des environnements Linux, des outils de gestion de versions (Git), et des workflows (Snakemake, Nextflow).
Qualités personnelles :
- Autonomie et sens de l'initiative
- Bonnes capacités de communication et d'écoute
- Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire (bioinformatique, génétique, biologie moléculaire)

Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.