Topic description
La régulation de l'expression des gènes par les facteurs de transcription (TF) est au cœur de la différenciation cellulaire et du développement des tissus. Au-delà de leur liaison à l'ADN, des données récentes indiquent que certains TF peuvent aussi interagir avec l'ARN et influencer l'épissage alternatif, une source majeure de diversité des isoformes impliquée dans le développement et dans plusieurs pathologies. Ce projet de thèse étudiera comment le TF Hox Ultrabithorax (Ubx) organise des programmes d'épissage au cours du développement musculaire chez la drosophile. L'étudiant(e) combinera la cartographie in vivo des contacts Ubx–ARN (iCLIP/approches de type CLIP) avec des analyses transcriptomiques et protéomiques à des stades musculaires définis, afin d'identifier des assemblages ARN–protéines centrés sur Ubx et leurs cibles d'épissage. Le projet mettra ensuite en place des stratégies de perturbation causale—édition génétique de régions d'ARN sélectionnées et interférence conditionnelle avec les interactions Ubx–ARN—pour tester comment des contacts et complexes spécifiques orientent le choix d'exons et la morphogenèse musculaire. En reliant la liaison d'Ubx, ses partenaires moléculaires et des perturbations ciblées à des effets mesurables sur l'épissage et à des phénotypes de développement, ce travail précisera comment des TF du développement confèrent de la spécificité au traitement de l'ARN in vivo, avec un intérêt conceptuel pour les maladies neuromusculaires liées à l'épissage.
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Gene regulation by transcription factors (TFs) is central to differentiation and tissue development. Beyond their DNA-binding activity, growing evidence suggests that some TFs also interact with RNA and can influence alternative splicing—an essential source of isoform diversity in development and disease. This PhD project will investigate how the Hox TF Ultrabithorax (Ubx) shapes splicing programmes during Drosophila muscle development. The student will combine in vivo mapping of Ubx–RNA contacts (iCLIP/CLIP-type approaches) with muscle-stage transcriptomics and proteomics to identify Ubx-centred RNA–protein assemblies and their splicing targets. The project will then implement causal perturbation strategies—genetic editing of selected RNA regions and conditional interference with Ubx–RNA interactions—to test how specific contacts and complexes drive exon choice and muscle morphogenesis. By linking Ubx binding, molecular partners and targeted perturbations to measurable effects on splicing and developmental phenotypes, this work will clarify how developmental TFs confer specificity to RNA processing in vivo, with conceptual relevance for splicing-related neuromuscular disorders.
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Début de la thèse : 01/10/
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Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)
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