Ingénieur bio-informatique opérations

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Bio-informatique NGS


Annonce Ingénieur Bio-informatique Opérations

PathoQuest est une société spécialisée en prestation de services (CRO), spin-off de l’Institut Pasteur, proposant des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. Elle offre aux entreprises Biotech du monde entier un service complet, de la réception des échantillons à la production de certificats d’analyse, utilisant des protocoles propriétaires, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. En phase de scale-up, l’équipe compte une cinquantaine de collaborateurs en France et aux États-Unis.

Nous recherchons un Ingénieur Bio-informatique (H/F) pour rejoindre notre département Opérations.


Votre mission

Au sein du département Opérations, sous la responsabilité du Responsable du Pôle BFX opérations et avec le soutien scientifique et technique du Head of Bioinformatics, vous assurerez le suivi, l’exécution et la communication des analyses bio-informatiques des données issues de nos plateformes de séquençage, principalement pour les prestations de sécurité virale, de caractérisation génétique, et les études sur mesure pour nos clients. Vous pourrez également participer à la validation d’outils bio-informatiques (logiciels, pipelines d’analyses).

1. Participer aux activités de production et à leur évolution
2. Réaliser des analyses pour des clients internes et externes, y compris analyses complémentaires et sur mesure
3. Contribuer au nettoyage des données sur nos serveurs
4. Former le personnel sur les pipelines maîtrisés et maintenir les supports de formation
5. Optimiser les pipelines et outils bio-informatiques, en préparant leur transfert en GMP
6. Suivre la démarche qualité lors de la conception, du développement et du déploiement des logiciels bio-informatiques, en rédigeant les documents associés (spécifications, cahier de tests)
7. Rédiger procédures et modes opératoires liés à la bio-informatique
8. Contribuer à la validation de nouvelles méthodes
9. Assurer une veille technologique en bio-informatique
10. Participer à l’assurance qualité selon les bonnes pratiques de fabrication (BPF)

De formation en bio-informatique, vous avez une expérience similaire, notamment avec Illumina ou Nanopore.

Vous maîtrisez Python et R, et travaillez aisément sous Linux et sur des serveurs de calcul haute performance.

Vous savez analyser des données de séquençage haut-débit et interpréter les résultats.

Compétences techniques : Assemblage De Novo & Guidé, Mapping, Linux, NCBI, NGS, Blast, Variant calling.

Connaissances en biologie moléculaire, cellulaire, génomique et génétique.

Connaissance des normes BPF.

Un bon niveau d’anglais est un plus.

Qualités requises : esprit d’équipe, rigueur, curiosité, adaptabilité, autonomie et initiative.


Localisation

Ce poste est basé près de Paris (13e arrondissement), France.


Rémunération

Selon expérience.


Avantages

Environnement en croissance, dynamique, innovant, avec un portefeuille client mondial attrayant.

Les candidats intéressés, répondant aux critères, sont invités à envoyer leur CV à careers@pathoquest.com.

Publication : 5 mars 2025. Date limite : 4 mai 2025.

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