Postdoc en analyse metagenomique (h/f)

Informations générales

Intitulé de l'offre : Postdoc en analyse metagenomique (H/F)
Référence : UMR5100-OLAREN-006
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mercredi 14 janvier 2026
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 4 mai 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : 3041€ - 4216€
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : 21 - Organisation, expression, évolution des génomes

Missions

Le/la candidat(e) aura pour mission principale d’analyser des jeux de données métagénomiques afin d’étudier la diversité, l’abondance et la dynamique des éléments génétiques mobiles (EGM) dans différents environnements, et d’identifier les facteurs écologiques et environnementaux influençant leur propagation.

Activités

-Assemblage et analyse de jeux de données métagénomiques publics à l’aide d’outils bioinformatiques existants
-Identification, annotation et caractérisation des éléments génétiques mobiles (plasmides, transposons, intégrons et phages)
-Analyse de l’abondance et de la prévalence des éléments génétiques mobiles dans différents environnements et conditions écologiques
-Réalisation d’analyses statistiques et de corrélation entre les éléments génétiques mobiles et des paramètres environnementaux issus des métadonnées (diversité bactérienne, structure spatiale, présence d’antibiotiques, de métaux lourds et de toxines)
-Étude du lien entre compétition bactérienne (diversité α) et dynamique des éléments génétiques mobiles
-Integration des resultats computationelles et experimentaux (taux de conjugaison,
-Interprétation des résultats
-Rédaction de rapports et de publications scientifiques
-Présentation des travaux au sein de l’équipe et lors de réunions scientifiques

Compétences

Compétences essentielles
Expérience en analyses métagénomiques, incluant le contrôle qualité, l’assemblage, le binning et l’annotation, à partir de collections de données publiques
Expérience en analyses génomiques comparatives et en phylogénomique
Expérience dans l’analyse des communautés microbiennes et des éléments génétiques mobiles associés
Maîtrise des environnements Linux/Unix et des outils en ligne de commande, ainsi que des langages de script ou de programmation (par exemple Python, R, Bash) pour l’analyse de données et les statistiques
Capacité à formuler des questions de recherche originales
Excellentes capacités d’organisation et de communication
Excellente maîtrise de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit

Compétences souhaitables
Formation ou expérience en écologie microbienne ou en interactions hôte–microbe
Expérience dans l’intégration de données expérimentales et computationnelles

Contexte de travail

Le CBI est un centre de recherche multidisciplinaire dynamique et moderne situé à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, sur le campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier. Le CBI compte actuellement 400 scientifiques travaillant sur les aspects fondamentaux de la structure et de la fonction des systèmes biologiques complexes. La recherche au CBI couvre toutes les échelles, des molécules individuelles aux groupes d'animaux, et combine un large éventail de domaines tels que la biologie structurale, la biochimie et la biophysique, la génétique, la génomique et l'épigénétique, ainsi que la biologie cellulaire, la biologie du développement, la neurobiologie, le comportement collectif des animaux, et la biologie computationnelle et des systèmes. L'IBC abrite 9 groupes de microbiologie reconnus pour leurs recherches en biologie et physiologie des bactéries, y compris l'organisation et l'évolution des génomes microbiens, l'assemblage et la dynamique des machineries moléculaires, les comportements collectifs bactériens, l'adaptation et les réponses au stress.

Toulouse offre un environnement dynamique et stimulant, avec une importante population étudiante, des instituts de recherche de renommée internationale et une forte culture de l’innovation. Associée à une excellente qualité de vie, une scène culturelle riche et un accès facile à la nature (plages, océan et montagnes), c’est une ville particulièrement attractive pour y vivre et travailler.

Contraintes et risques

La personne recrutée devra faire preuve d’un haut degré d’autonomie, en assurant la responsabilité complète de ses projets, de l’analyse des données à l’interprétation et à la diffusion des résultats, tout en s’impliquant activement au sein de l’équipe de recherche