Description
Principales activités
* Assurer l’analyse des génomes bactériens séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, annotation, identification de variant).
* Assurer l’analyse des amplicons séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, identification de variant).
* Mise en application de ces analyses pour :
o L’identification des marqueurs de résistance aux antibiotiques et de virulence ;
o Etude phylogénétique et identifications des clusters ;
o L’attribution de variables.
* Mise en œuvre de travaux de développement dans son domaine d’activité (NGS et bio-informatique).
* Formation du corps médical et technique à l’utilisation des outils bioinformatiques installés et/ou développés.
* Prise d’information et de conseils auprès des personnels / utilisateurs / usagers, relatifs aux projets et au domaine d’activité.
* Traitement de l’information biologique: extraction, regroupement, représentation.
* Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en solutions et en programmes bioinformatiques.
* Identifier, analyser, prioriser et synthétiser les informations relevant de son domaine d’activité.
* Formalisation et publication d’information en interne / externe.
* Recensement et analyse des besoins des utilisateurs, spécifique à son domaine d’activité.
* Utilisation et traçabilité des outils, logiciels et systèmes relevant de son domaine d’activité.
* Veille spécifique à son domaine d’activité.
* Travailler en équipe / en réseau.
Missions ponctuelles/Particularités
* Participer aux réunions bi-mensuelles du CNR IST.
* Vérification, mise en route, pilotage et surveillance des équipements, mise à l’arrêt.
* Adapter des procédures / protocoles / modes opératoires / consignes relatives à son domaine de compétence.
* Rédaction de documents techniques, relatifs à son domaine d’activité.
* Analyser et évaluer les performances d’un système, d’un appareil, d’un outil spécifique à son domaine d’activité technique.
* Valorisation des résultats dans les congrès scientifiques et par la participation à la rédaction des articles scientifiques en anglais.
* Participer aux réunions organisées par les ingénieurs bio-informaticiens du pôle de Biologie-Pathologie.
* Encadrer des stagiaires en bio-informatique.
* Partager les outils bioinformatiques avec le corps médical et technique.
* Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle.
Activités techniques
* Configuration, développement et validation des logiciels bioinformatiques pour l’analyse des données NGS.
* Mise au point de nouvelles analyses bioinformatiques en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
* Création, entretien et développement de solutions de stockage et d’entrepôts de données (sauvegarde et archivage).
* Maintenance des équipements, logiciels et bases de données, spécifique à son domaine d’activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
* Relation avec la DSI pour la gestion des ressources de calcul et de stockage (serveur, machines virtuelles).
* Aide à la conception et à la mise en place des nouveaux protocoles de séquençage par technique NGS.
* Veille technologique active sur les nouvelles méthodes bioinformatiques et technologies associées.
* Assurer le lien entre le laboratoire et les services du Biomédical et Informatique, spécifique à son domaine d’activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
* Accompagnement des techniciens de laboratoire pour la gestion des dysfonctionnements, pannes d’équipements, problèmes techniques relevant de son domaine d’activité.
Hygiène
* Respecte les règles d’hygiène et de sécurité en vigueur.
* Respecte les règles et le circuit d’élimination des déchets.
Profil recherché
Aptitudes
* Être capable d’évoluer en fonction des évolutions techniques et/ou organisationnelles.
* Faire preuve de rigueur et avoir le sens des responsabilités.
* Savoir travailler en équipe / en réseau.
* Analyser et gérer les priorités.
* Être autonome et réactif.
* Savoir communiquer.
* Savoir gérer son activité et être force de proposition pour améliorer les performances.
* Communiquer et transmettre son savoir à l’ensemble du personnel du laboratoire.
Connaissances requises
* Utilisation avancée des systèmes Linux.
* Connaissance de différents langages de programmation / script (Python/Perl/Java/Bash/R…).
* Conception et développement de logiciels.
* Conception et utilisation d’architectures système pour le stockage et l’analyse de grande quantité de données issues du séquençage haut débit.
* Conception et gestion de base de données.
* Avoir une bonne connaissance des spécificités génomiques des bactéries et leurs codes génétiques.
* Avoir une bonne connaissance des différentes techniques de biologie moléculaire.
* Faire preuve de rigueur et avoir le sens des responsabilités.
* Savoir gérer son activité et être force de proposition pour améliorer les performances.
* Maintenir ses connaissances, être capable et avoir l’envie d’acquérir de nouvelles connaissances.
* Maîtrise de l’anglais.
* Savoir faire face et s’adapter aux contraintes.
* Savoir se positionner et déterminer les limites de son domaine de compétences.
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