Ingénieur d’études en bio-informatique (h/f)

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d’études en bio-informatique (H/F)
Référence : UMR9191-ARNLER-005
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : jeudi 1 mai 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : 2 540,99 € et 2 711,10 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

CDD 12 mois, Ingénieur d’études en bio-informatique et génomique pour l’administration logicielle et la gestion, le traitement et l’analyse des données.

Activités

- Recenser et répertorier les outils bio-informatiques et bio-statistiques fréquemment utilisés au laboratoire (par exemple dans le domaine de l’annotation, la génétique d’association, phylogénie, génomique des populations et évolution moléculaire, analyse d’image, etc). Tester et comparer les logiciels concurrents.
- En collaboration avec les services informatiques du laboratoire EGCE et de l’institut IDEEV, définir et mettre en œuvre les procédures de maintenance de la pile logicielle dédiée aux analyses bio-informatiques sur les serveurs communs du laboratoire.
- Assurer la mise en place d’une procédure d’accueil et de formation des nouveaux entrants, animer un atelier bio-informatique à destination des utilisateurs. Promouvoir les bonnes pratiques scientifiques (reproduction, traçabilité, Open Science) et techniques (utilisation d’infrastructures communes, serveurs du laboratoire et plateformes collaboratives).
- Apporter conseil et aide dans les projets de recherche développés au laboratoire.

Compétences

Connaissance générale des analyses bio-informatiques, en particulier sur des données génomiques et transcriptomiques. Maîtrise des outils de gestion et langages de la pile logicielle courante pour l’analyse de données de séquence (Unix, shell, python, java, R, conda) et de l’administration de systèmes Unix pour la bio-informatique.
Avoir le sens de l’organisation, du travail en équipe, et savoir transmettre des connaissances et animer un groupe de travail.
Langue anglaise : B1 minimum.

Contexte de travail

Le laboratoire EGCE est une des trois UMR installées dans l'Institut Diversité, Ecologie et Evolution du Vivant (IDEEV) situé dans le campus de l'Université Paris Saclay. L'UMR EGCE regroupe des équipes de recherche utilisant de plus en plus de grandes quantités de données de séquences, obtenues par des technologies de séquençage “haut débit”, pour étudier des questions multiples en écologie et en évolution. Le traitement, la gestion et l’analyse de ces données génomiques représentent un fort goulet d’étranglement, qui ne peut que s’accroître étant donnés le développement rapide et la baisse des coûts des technologies de séquençage haut-débit. Pour rester à la pointe de la recherche en écologie et évolution, y compris en termes de bonnes pratiques scientifiques (données ouvertes, archivage, reproductibilité), il apparaît indispensable de disposer d’un appui technique avec des compétences dans l’analyse de données génomiques.