Vos missions en quelques mots Missions : La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques. Le projet se structure autour de 2 axes : i) Développement de nouveaux outils basés sur l'ADNe/ARNe et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d’eau douce ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d’espèces hôtes Bryozoaires Activités : -Travail terrain : échantillonnage en milieu aquatique, prélèvements ADNe/ARNe -Extractions ADN/ARN -PCRs digitales / métabarcoding par PCR pour séquençage Illumina -Mise au point ou ajustement de protocoles existants Contexte de travail : La personne recrutée sera basée au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) situé à Toulouse sur le campus de l'Université de Toulouse - Paul Sabatier. Elle travaillera à la plateforme B2M du CRBE et effectuera du terrain dans les rivières et lacs du bassin Adour-Garonne (y compris des sites en montagne dans les Pyrénées). Profil recherché Competences : - Des compétences préalables sur la manipulation de pathogènes seront obligatoires - Une très bonne expérience de terrain sur l’échantillonnage ADNe/ARNe est requise (filtration, transport) - Une expérience de terrain en milieu difficile est requise (terrain en montagne dans les Pyrénées) -Biologie moléculaire : solides compétences en extraction d’ADN/ARN, dPCR, multiplexage -Savoir suivre un protocole -Savoir adapter un protocole de biologie moléculaire Contraintes et risques : Travail de terrain en milieu isolé Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français Seuil
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