Bioinformaticien génomique virale - cdd h/f

L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.
Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur. Activités principales :

Les missions consisteront à analyser des données de séquençage viral à l'aide de méthodes bioinformatiques, en vue de reconstruire et d'annoter des génomes viraux, ainsi que de surveiller l'évolution et la propagation des virus à ARN, notamment les virus respiratoires :

Traiter et analyser des données de séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, etc.) à l'aide des outils bioinformatiques existants :
- Reconstruire des génomes viraux complets ou partiels (assemblage de novo, mapping sur références).
- Annoter les séquences (identification des gènes, mutations, recombinaisons, sites fonctionnels).
- Caractériser la diversité génétique (clades, lignées, variants préoccupants).
- Appliquer des pipelines bioinformatiques et adapter les méthodes en fonction des besoins spécifiques
- Contribuer à l'amélioration des workflows bioinformatiques du CNR
- Suivre la qualité des résultats générés par les pipelines du CNR (cohérence des résultats)

Assurer une veille scientifique et technique :
- Suivre les avancées en bioinformatique appliquée à la surveillance des virus respiratoires (outils, algorithmes, bases de données).
- Monitorer la circulation mondiale des virus (influenza, SARS-CoV-2, VRS, etc.) via des sources publiques (e.g. GISAID, GenBank) et internes (données du CNR).

Analyser les dynamiques évolutives :
- Détecter les mutations d'intérêt (échappement immunitaire, résistance aux antiviraux, fitness viral).
- Étudier les patterns de transmission.
- Produire des rapports internes : Synthèses hebdomadaires/mensuelles sur la surveillance génomique (ex : émergence de nouveaux variants, tendances épidémiologiques)
- Participer aux réunions de suivi avec les partenaires
- Travailler en étroite collaboration avec les biologistes et virologues du CNR pour interpréter les résultats.
- Maintenir une documentation pour les outils développés.