Ingénieur de recherche analyses à haut débit de la diversité microbienne marine h/f

L'ingénieur de recherche, spécialisé en approches biologie et analyses de laboratoire aura comme missions d'assurer des mesures à haut débit de la biodiversté pélagique microbienne marine en Manche Orientale et Mer du Nord dans le cadre, incluant le travail de terrain, de laboratoire, traitement des données brutes et analyse de données en vue de leur rapportage et publication,
Activités
- Développer des protocoles standardisés pour l'utilisation en routine des instruments de pointes mise en place au sein des plateformes technologiques dont celles acquises sur les grands projets structurant comme le CPER IDEAL (Next-Generation Sequencing, Expérimentale et Observation, Géomatique et Télédétection)
- Apporter un soutien technique et théorique sur les aspects de biologie moléculaire et biologie cellulaire nécessaires à la bonne réalisation expérimentale d'un projet scientifique
- Conseiller et apporter des solutions techniques pour permettre de lever les verrous méthodologiques en analyses moléculaires de diversité taxonomique, fonctionnelle et activités microbiennes.
- Analyser les échantillons (extraction d'acides nucléiques, clonage/séquençage, préparation de librairie d'ADN, séquençage, analyses automatisées) dans le cadre des projets scientifiques, de suivi des écosystèmes et/ou de prestations de service
- Mettre en place et utiliser des outils bio-informatiques pour l'analyser, l'interprétation et la validation des résultats
- Assurer une veille scientifique pour faire évoluer les pratiques et les protocoles selon les dernières normes et développements technologiques
- Participer ponctuellement à des campagnes de terrain (prélèvements et mesures in situ)
- Gérer le planning d'utilisation des appareils et veiller à l'application des règles d'hygiène et de sécurité
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques via des publications, des protocoles et des rapports techniques
- Former, en interne et en externe, aux technologies de pointe (notamment en microbiologie, biologie moléculaire, séquençage à haut débit) et encadrer les utilisateurs
Compétences
- Connaissance des méthodologies de séquençage classique et à haut débit (préparation de librairie, métabarcoding, métagénomique, transcriptomique, séquenceur Oxford Nanopore Minion)
- Connaissance théorique et pratique d'une ou plusieurs approches méthodologiques appliquées à la microbiologie
- Bioinformatique : connaissance appliquée dans l'analyse des données de séquençage à haut débit et techniques analytiques d'observation et d'identification des espèces
- Langue anglaise courante
- Concevoir, adapter et mettre en oeuvre les dispositifs expérimentaux adaptés aux contraintes de la recherche en biologie cellulaire, microbiologie et biologie moléculaire
- Développer, par la veille et l'expérimentation, sa propre expertise scientifique et technologique dans son domaine
- Utiliser les logiciels bioinformatiques spécifiques à l'activité
- Rédiger les publications et rapport scientifiques s'appuyant sur la bibliographie, les matériels utilisés et les méthodes mises en oeuvre
- Capacité de raisonnement analytique
- Sens de l'organisation
- Sens relationnel
Contexte de travail

Les activités de l'ingénieur s'exerceront au sein de l'équipe Ecologie Pélagique Planctonique du Laboratoire d'Océanologie et Géosciences (CNRS UMR 8187 LOG - ULCO - U Lille), sous la responsabilité du responsable d'équipe et coordinateur LOG du partenariat CNRS du projet européen Horizons OBAMA NEXT, du partenariat ULCO du projet PPR Océan et Climat FutureOBS et co-responsable du plateau « Observation, Géomatique et Télédédétection » du projet CPER IDEAL. Le travail se fera en collaboration avec les membres de l'équipe et de chercheurs des laboratoires partenaires des projets cités.
L'Ingénieur aura pour mission principale de réaliser les analyses d'échantillons collectés au cours des campagnes en mer CARPARC et RiOMar Seine MO-1 et -2 (2024), IBTS et CGFS (de plusieurs années).
Il(elle) devra mettre à jour et entretenir une base de données de la diversité microbienne (eucaryote et procaryote) de la Manche Orientale.
Contraintes et risques

Travail de laboratoire. Travail au bureau avec utilisation différents outils informatiques. Déplacements éventuels en France et à l'étranger pour des réunions de travail et présentation dans des congrès internationaux.