Bio-informaticien cnr amyloses al

Contexte :

Ce poste s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche translationnelle mené au sein du laboratoire d’Immunologie du CHU de Limoges, en lien avec le Centre National de Référence (CNR) Amyloses AL et l’équipe BioPic (Biology of Plasma cells, Immunopathology and Cancer).

L’objectif principal est de développer un outil d’apprentissage automatique permettant de prédire le potentiel amyloïdogène des chaînes légères d’immunoglobulines à partir de leur séquence. Ce projet s’inscrit dans une dynamique de collaboration étroite entre bio-informaticiens, médecins, biologistes et chercheurs, dans un environnement médical et scientifique. Le ou la candidat(e) devra faire preuve de bonnes capacités de communication et de vulgarisation afin de faciliter les échanges au sein de cette équipe pluridisciplinaire.

Missions principales :

- Participation au développement d’un modèle prédictif basé sur l’apprentissage automatique pour la prédiction de l’amyloïdogénicité des chaînes légères d’immunoglobulines

- Participation à l’analyse, la contextualisation et l’interprétation de données de séquençage haut débit (NGS) et/ou de spectrométrie de masse (MS)

- Échanges réguliers avec les utilisateurs finaux (biologistes, cliniciens, chercheurs) pour la définition des besoins et la présentation des résultats

-Conception et développement logiciel dans un souci d’intégration locale et de respect des bonnes pratiques (versioning, documentation, reproductibilité).

- Participation à la rédaction de rapports d’analyse, de documents scientifiques ou de supports de communication

- Reporting selon la demande du Responsable fonctionnel.

Missions secondaires :

- Développement éventuel d’une interface Web légère (optionnel, selon l’appétence du candidat) pour la diffusion de l’outil.

- Collaboration possible sur d’autres projets bio-informatiques en lien avec le CNR Amyloses AL, selon les besoins de l’équipe.