Présentation de la structure :
Le travail sera réalisé sous la coordination scientifique du Pr Eric DEFRANCQ, responsable du projet ANR et du Dr Thomas LAVERGNE.Le travail sera réalisé au Département de Chimie Moléculaire (UMR 5250) au sein de l'équipe I2BM (Ingénierie et Interactions Biomoléculaires).
Dans le cadre d'un projet ANR, vous serez amené à construire de nouvelles générations de systèmes ADN-i en s'appuyant sur le savoir-faire méthodologique du laboratoire et en explorant de nouvelles voies de synthèse. Ce travail consistera en la préparation de peptides et d'oligonucléotides poly-fonctionnalisés qui seront associés entre eux par chimie click. La formation de ces mimes d'ADN i-motif d'intérêt biologique sera confirmée par des techniques chromatographiques et spectroscopiques classiques (HPLC, MS) et par des études de dichroïsme circulaire (CD). Des études de criblage par SPR ou BLI seront également envisagées.
Plus d'informations: https://dcm.univ-grenoble-alpes.fr/research/i2bm-team/research-areas/synthesis-oligonucleotide-conjugates-and-applications
Missions principales :
Les structures secondaires non canoniques d'acides nucléiques ont émergé ces dernières décennies comme facteurs critiques modulant le métabolisme de l'ADN et de l'ARN. Les i-motifs (ADN-i), qui correspondent à des structures d'ADN non usuelles à quatre brins dans lesquelles les cytosines sont intercalées via un empilement de paires de bases C-C hémi-protonées, peuvent se former au niveau des séquences génomiques riches en cytosine des promoteurs ou des télomères. Certaines structures ADN-i ont été bien caractérisées in vitro, mais les données sur leur pertinence biologique sont encore limitées, en raison d'un a priori sur leur formation à bas pH. Récemment, le marquage par un anticorps spécifique (iMab) et la RMN in cellulo ont démontré que les structures ADN-i peuvent se former et sont stables dans les noyaux des cellules humaines. Toutefois, l'anticorps actuellement commercialisé est sujet à controverse notamment lié à un manque de spécificité de reconnaissance pour la cible ADN-i.
Dans ce contexte, le projet ANR SEA-i-DNA associant chimistes, biophysiciens, biochimistes et biologistes, vise à sélectionner de nouveaux anticorps interagissant avec cet ADN-i en utilisant des systèmes contraints comme substrat pH-indépendant.
Activités principales :
- Synthétiser des oligonucléotides et peptides modifiés par voie automatisée.
- Mettre en œuvre la synthèse de conjugués peptide-oligonucléotide en utilisant différentes stratégies de ligation chimique.
- Caractériser ces biomolécules par les méthodes appropriées (spectrométrie de masse, dichroïsme circulaire).
- Rédiger les procédures expérimentales : établir les rapports sur les résultats de synthèse et leur interprétation.
Un master ou une formation en école d'ingénieur sont appréciés.
- Connaitre les techniques d'élaboration de biomolécules (peptides et oligonucléotides).
- Avoir des connaissances générales des méthodes de purification et d'identification des molécules ou espèces chimiques.
- Connaitre les méthodes physico-chimiques d'analyse appropriée (techniques séparatives, techniques de détermination structurale, analyse par spectrométrie de masse).
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