L'AP-HP est un centre hospitalier universitaire à dimension européenne mondialement reconnu. Ses 39 hôpitaux accueillent chaque année 8 millions de personnes malades : en consultation, en urgence, lors d'hospitalisations programmées ou en hospitalisation à domicile. Elle assure un service public de santé pour tous, 24h/24, et c'est pour elle à la fois un devoir et une fierté.
L'AP-HP est le premier employeur d'Ile de-France : 95 000 personnes - médecins, chercheurs, paramédicaux, personnels administratifs et ouvriers - y travaillent.
Le siège de l'AP-HP est chargé de de mettre en oeuvre la politique de l'établissement conduite par le directeur général, et en particulier le plan d'actions dénommé « 30 leviers pour agir ensemble ». Ces 30 leviers visent à apporter des réponses les plus pragmatiques et efficaces possible à l'ensemble des difficultés auxquelles l'AP-HP fait face et sur lesquelles elle peut agir, en commençant par tout ce qui touche au sujet numéro un : attirer et recruter bien-sûr, mais, par-dessus tout, donner envie de rester à l'AP-HP. L'ensemble des équipes du siège de l'AP-HP sont mobilisés pour assurer la mise en oeuvre et la réussite de ce plan.
Les missions spécifiques portent sur la gestion opérationnelle de la plateforme de séquençage génétique à très haut débit :
1) Réception et pré-analyse des prélèvements. Conformité et enregistrement des prélèvements dans le système de gestion de laboratoire. Contrôle de la qualité des échantillons à réception. Déclaration et gestion des non-conformités et communication avec les services demandeurs. Traitement pré-analytique adapté selon le type d'analyse.
Sang total EDTA, tissu frais ou congelé, culot cellulaire ? ADN génomique. Sang total, plasma ? ADN tumoral circulant (ctDNA). Biopsies fraîches, culots cellulaires, tissu ? ARN total (bulk RNA).
2) Extraction et contrôle qualité des acides nucléiques. Extraction d'ADN génomique. Extraction d'ARN total pour les applications bulk RNA-seq, avec contrôle de l'intégrité. Extraction d'ADN tumoral circulant à partir de plasma (cfDNA / ctDNA). Quantification et qualification des acides nucléiques (qPCR ou autres techniques).
3) Préparation de librairies et séquençage NGS. Intervenir sur l'ensemble des flux de préparation de librairies, en short read et long read, en technique manuelle et/ou automatisée : ADN génomique - Short Read (Illumina). Long Read (Oxford Nanopore / PacBio). Bulk RNA-seq - Short Read et Long Read. ADN tumoral circulant (ctDNA) - biopsie liquide.
Des missions complémentaires des activités de la plateforme : Qualité et accréditation. Gestion des stocks et des consommables. Réception, vérification et rangement des commandes selon les conditions de conservation requises. Gestion des déchets et sécurité.
Compétences scientifiques et techniques :
Expertise en génétique médicale et biologie moléculaire.
Bonne connaissance des technologies de séquençage short read et long read.
Compréhension des enjeux préanalytiques (ie. fonctionnement des automates type. Hamilton ou Tecan), analytiques et post-analytiques (bioinformatique).
Expérience pratique en préparation de librairies.
CONNAISSANCES ASSOCIEES ET EXPERIENCE
Expérience souhaitée en biologie moléculaire, idéalement en préparation de librairies NGS
Connaissance des techniques d'extraction d'acides nucléiques (sang, tissus, plasma) et des outils de contrôle qualité associés.
Intérêt ou expérience pour les plateformes de séquençage short read (Illumina) et/ou long read (Oxford Nanopore, PacBio).
Maîtrise des logiciels bureautiques (Word, Excel) ; connaissance d'un SGL appréciée.
Sensibilité à la démarche qualité (ISO 15189) et aux bonnes pratiques de laboratoire.
SAVOIR ETRE REQUIS
Rigueur, fiabilité et sens de l'organisation dans l'exécution des tâches.
Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire (techniciens, ingénieurs, biologistes).
Aptitude relationnelle (communication interdisciplinaire).
Respect de la confidentialité et du secret professionnel.
Dynamisme, adaptabilité et intérêt pour les évolutions technologiques.
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