Ingénieur-e biologiste en analyse de données - h/f

Description :

Pour ce contrat de travail d'une durée de 2 MOIS RENOUVELABLE, la personne recrutée rejoindra l’équipe « Oncogénèse des sarcomes » dirigée par Frédéric CHIBON.

L’équipe cherche à comprendre les mécanismes chromosomiques de l’oncogenèse des sarcomes pléomorphes, caractérisés par une très grande instabilité chromosomique.

Mission principale

La personne recrutée aura pour missions :

· D’analyser les données de variants structuraux identifiés par RNAseq sur les données du TCGA

· D’Evaluer la pertinence du marqueur biologique iTRAC pour l’analyse pronostique et prédictive de la réponse au traitement systémique dans les différents types de cancers analysés par le TCGA

Activités

principales

· Développer et appliquer des scripts R

· Développer et appaliquer des pipeline d’analyse sur le cluster decalcul du Genotoul

· Mettre à jour le GitHub de l’équipe.

Spécificité(s) et environnement du poste

· Travail sur écran



Profil recherché :


Connaissances

· Connaitre la biologie des sarcomes

· Connaitre les mécanismes chromosomiques de l’oncogenèse.

· Maitriser les statistiques adaptées à ce type d’analyse

· Maitriser le langage R

· Maitriser le calcule parallélisé sur cluster

Savoir-faire

· Mener de A à Z un projet d’analyse bioinfomatique

· Produire des figures de synthèse adaptées aux messages identifiés.

· Ecrire les articles scientifiques présentant les résultats obtenus.

Aptitudes

· Rigueur scientifique

· Esprit critique

· Esprit d’initiative

Expérience(s) souhaitée(s)

· Une expérience en ananlyse bioinformatique de données génomiques tumorales sera appréciée

Niveau de diplôme et formation(s)

· Bac + 5 Minimum

· Souhaité dans le domaine de l’oncogenèse