Ingénieur-e biologiste en traitement de données de séquences

Retour à la liste des résultats


Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

Contexte scientifique de travail

L’analyse de la diversité génétique intra-variétale de la vigne est une thématique importante de l’équipe DAAV (Diversité, Adaptation et Amélioration de la vigne) de l’UMR AGAP (Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes). Notre objectif est à la fois de comprendre les bases moléculaires de cette diversité, développer une méthodologie d’identification des clones et vérifier si la diversité clonale peut être un outil intéressant pour la recherche de gènes impliqués dans des traits d’intérêt.
Un travail a été initié en 2020 par l’analyse d’une collection privée de 58 clones de Merlot dans le cadre de la thèse de doctorat de Mme Lesbats-Sichel V., soutenu le 14 décembre 20231. Dans le cadre de sa thèse, V. Lesbats-Sichel a dans un premier temps réalisé un séquençage du génome du Merlot sur un clone agrée (clones 343) ainsi que de ses 2 parents (Cabernet franc et Magdeleine noire des Charentes). Ces données ont permis d’établir une séquence de bonne qualité du Merlot et de démonter la présence de chimères chez le Merlot 2.
En parallèle, les 58 clones ainsi que 3 clones agréés de Merlot ont été séquencés par illumina pour identifier des polymorphismes entre clones. Ces données n’ont malheureusement à ce stade pas encore permis d’identifier avec précision des variants permettant d’identifier les clones.
Un séquençage Pacbio de deux clones extrêmes de la collection privée a été réalisé. La comparaison des séquences des 3 clones (343 et deux clones extrêmes) a permis d’identifier les variants SNP et SV différentiant les 3 clones. De même, des séquences RNAseq réalisées sur baies de Merlot au cours du développement du raisins sont disponibles dans l’équipe. De nombreuses données de RNAseq sur la vigne sont également disponibles dans les bases de données internationales.

1 Sichel, V.: 2023: Identification et sélection intra-variétale de la vigne à l’aide des outils génomiques actuels. Thèse de l’institut Agro Montpellier et de l’université de Montpellier, soutenue le 14 décembre 2023, Montpellier
2 Sichel, V., Sarah, G., Girollet, N., Laucou, V., Roux, C., Roques, M., Mournet, P., Cunff, L.L., Bert, P.F., This, P., Lacombe, T. : 2023. Chimeras in Merlot grapevine revealed by phased assembly. BMC Genomics 24, 396.

ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe DAAV (Diversité Adaptation et Amélioration de la vigne) de l’UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP institut). Vous réaliserez votre activité dans les locaux de l’UMR AGAP Institut, situés avenue Agropolis, sur le campus CIRAD. Vous serez placé.e sous la responsabilité hiérarchique de Patrice This, responsable de l’équipe DAAV de l'UMR AGAP Institut. Vous travaillerez plus particulièrement sous l’encadrement scientifique de Gautier Sarah, ingénieur bio-informaticien et de Loic Le Cunff ingénieur IFV en lien avec V. Lesbats-Sichel, P. This et T. Lacombe (professeur Institut agro Montpellier).

Date d’entrée en fonction : entre le 15 Avril et le 4 mai 2026

Vous réaliserez la gestion et le traitement des données de séquences issues du projet Merlot.
Plus précisément :
1. Dans un premier temps, selon son état d’avancement, vous participerez à l’annotation des gènes de Merlot à l’aide des données de RNAseq, puis vous vérifierez si des variants sur le génome pourraient expliquer des différences d’expression des gènes entre les deux clones extrêmes (données RNAseq disponibles pour les 2 clones).
2. Puis, selon l’état d’avancement du projet, à l‘aide des données Illumina corrigées par les données Pacbio, vous réaliserez un arbre de diversité de la collection privée.
D’un point de vue pratique, vous :

- Diffuserez et valoriserez les résultats sous forme de rapports techniques et de publication
-Mettrez en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données
- Réaliserez le traitement des données
- Organiserez la mise en forme, le stockage des données


Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Master en analyse des données ou bio-informatique
◼ Compétences en gestion et traitement des données de séquence illumina et long reads et RNAseq
◼ Expériences appréciées : Programmation R, utilisation d'un cluster de calcul type HPC et de git/gitlab pour la gestion de projet d’analyse.
◼ Connaissances souhaitées : Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie), biologie (connaissance générale), Langue anglaise : B1 à B2
◼ Aptitudes recherchées : Rigueur et sens de l’organisation, motivation, esprit d’équipe et aptitude au travail en groupe, sens relationnel, curiosité intellectuelle.


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.


Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr