Postdoctorant/postdoctorante (h/f): caractérisation des réarrangements génomiques programmés chez les nématodes

Informations générales

Intitulé de l'offre : Postdoctorant/Postdoctorante (H/F) : caractérisation des réarrangements génomiques programmés chez les nématodes
Référence : UMR5558-NATARB-101
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mercredi 24 septembre 2025
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : à partir de 3021 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : 01 - Interactions, particules, noyaux du laboratoire au cosmos

Missions

Description du projet

Certaines espèces eucaryotes subissent systématiquement une élimination programmée de l'ADN (PDE), consistant en la destruction partielle des chromosomes dans leur soma au cours du développement. Bien que décrit dès 1887, le PDE est resté mystérieux en raison des limites des systèmes modèles et des technologies de séquençage. En particulier, les questions fondamentales concernant la fonction et l’évolution du PDE restent floues. Récemment, l’équipe de Marie Delattre a découvert que les nématodes du genre Mesorhabditis subissent le PDE, où près de 30 % du génome est éliminé dans le soma, ciblant principalement des transposons. Plusieurs données récentes suggèrent que le PDE pourrait servir à contrôler les transposons et non les quelques centaines de gènes codant pour des protéines qui sont également éliminés.
Nous avons lancé un projet visant à déchiffrer l'origine du PDE chez Mesorhabditis, en testant si la séquence spécifiant la cassure des chromosomes est issue d'un transposon et en identifiant la (les) nucléase(s) associée(s). Ce projet repose sur le séquençage et l’analyse des génomes somatiques et germinaux de plusieurs espèces de nématodes du genre Mesorhabditis.

Activités

La personne sera en charge de l’étude de l’évolution du PDE chez Mesorhabditis, en analysant à la fois le polymorphisme intraspécifique et la divergence interspécifique. Il sera responsable de l’ensemble du projet : depuis l’élaboration du protocole d’analyses jusqu’à la rédaction des articles. Elle pourra s’appuyer sur les compétences des équipes partenaires du projet, et pourra également recruter et encadrer des étudiants/des étudiantes de master.


Compétences

Compétences sur l’analyse

Ce projet nécessite de fortes compétences en bioinformatique, pour l’analyse comparative de génomes : maitrise des protocoles de détection de variants, maitrise des langages de programmation/script (python, R, bash), de l’usage de fermes de calcul, des pratiques FAIR. Ce projet nécessite également une bonne maitrise des méthodes et concepts de la génomique évolutive et de la génétique des populations (tests de sélection).
Des compétences en assemblage de génome et annotations seront appréciées.
Par ailleurs, comme tout travail de recherche, ce projet nécessite de bonnes compétences en communication scientifique (présentation orale + rédaction d’articles).


Contexte de travail

La personne recrutée travaillera au sein de l’équipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive (BPGE - https:///fr/equipe-bioinformatique-phylogenie-et-genomique-evolutive) du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) et sera encadrée par Laurent Duret (DR CNRS). L’équipe BPGE est reconnue internationalement pour ses travaux sur l’évolution des génomes. Ce projet sera également mené en collaboration étroite avec l’équipe de Marie Delattre (ENS-Lyon), découvreuse du PDE chez les nématodes Mesorhabditis.
Le LBBE offre un environnement de travail extrêmement stimulant (animations scientifiques/échanges de compétences à différents niveaux, internes et externes), et dispose de moyens de recherche de premier plan (ferme de calcul ; équipe d’informaticiens en soutien aux chercheurs).
Le laboratoire se situe sur le campus universitaire LyonTech La Doua à Villeurbanne.

A tout cela s’ajoute :
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• La possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Participation financière au frais de mutuelle