Ingénieur·e d’étude en bio-informatique f/h

Informations générales Organisme de rattachement Hôpital Saint-Louis Référence APHP_2025-19115 Date de début de diffusion 04/12/2025 Date de parution 20/12/2025 Domaine / Métier Direction et pilotage des politiques publiques - Responsable de coordination administrative Intitulé du poste Ingénieur·e d’Étude en Bio-informatique F/H Description du poste ● Missions principales: 1. Développement de pipelines bio-informatiques · Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l’étude génomique de phages et de bactéries. · Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative. 2. Analyse de données et modélisation · Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes. · Développer des modèles d’apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost). · Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses. 3. Intégration et gestion des données · Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données. · Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats. 4. Interaction avec l’équipe expérimentale · Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance. · Participation à la conception des méthodes expérimentales. Contexte scientifique Ce poste s’inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage–bactérie dans un contexte infectieux. Le projet explorera notamment : · les récepteurs bactériens aux bactériophages, · les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP), · les systèmes de défense bactériens, · les systèmes d’anti-défense phagiques, · l’influence de la régulation de l’expression génique sur les dynamiques d’interaction. L’objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d’estimer l’efficacité d’un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d’une approche de phagothérapie personnalisée. Descriptif du profil recherché Profil recherché Formation: • Master 2 ou diplôme d’ingénieur en bioinformatique, génomique, biostatistiques, microbiologie computationnelle ou domaine associé. Compétences techniques: • Excellente maîtrise de Python et/ou R. • Bonne connaissance de Bash / Linux. • Maîtrise des outils bioinformatiques courants (assemblage, annotation, analyse comparative). • Bases solides en statistiques. • Connaissances en machine learning appréciées. Qualités personnelles: • Rigueur, autonomie, organisation. • Curiosité scientifique et esprit critique. • Capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire. Localisation du poste Europe, France, Île-de-France, Paris (75)