Bio-informaticien clinique h/f

Bio-Informaticien clinique H/F La médecine génomique révolutionne le parcours de soin, et donc l’organisation de la santé publique. Le séquençage en routine du génome va permettre une prise en charge diagnostique et thérapeutique plus personnalisée des patients. Le Plan France Médecine Génomique 2025 répond à la demande du Premier ministre adressée à l’Alliance Aviesan en avril 2015 afin d’examiner la mise en place, et la prospective sur dix ans, des conditions de l’accès au diagnostic génétique dans notre pays. Sélectionné par un jury international, deux projets ont été retenus parmi 10 qui impliquaient l’ensemble des CHU français. Le projet AURAGEN en région Auvergne-Rhône Alpes est porté par le Groupement de coopération sanitaire (GCS) regroupant les 4 CHU de la région, les deux centres de lutte contre le cancer régionaux. La plateforme AURAGEN s’est dotée d’une infrastructure de calcul, de stockage et d’archivage qui répond aux exigences d’hébergement et d’infogérance des données de santé. L’infrastructure de calcul haute performance est calibrée pour le traitement de 20 000 génomes annuels représentant 20 Po de stockage et près de 3000 cœurs de calcul. L’équipe de développement bioinformatique est répartie sur deux sites avec un focus sur la génomique des maladies rares (Grenoble, CHU Grenoble Alpes) et la génomique tumorale (Lyon, Centre Léon Bérard). Nous recrutons un Bio-Informaticien(ne) clinique pour la plateforme AURAGEN en CDD à Lyon. Vos missions seront les suivantes : *Suivi de l'analyse bioinformatique des dossiers (effectué en binôme) Le/la candidat/e aura en charge le suivi de bout en bout des dossiers depuis la fin du séquençage jusqu’à la production d'un rapport de synthèse. Pour chaque dossier, deux échantillons, tumoral et constitutionnel, sont séquencés puis automatiquement analysés (contrôles qualité, alignement et appels de variants SNV et CNV). Un rapport de synthèse est ensuite produit (de manière semi-automatique) et transmis aux biologistes pour interprétation des résultats. Le/la candidat/e collaborera avec l'ensemble des acteurs de cette chaîne: - avec la plateforme de séquençage pour le suivi de la production des séquences ADN et ARN. - avec l'équipe de développement bioinformatique pour adapter/modifier les pipelines de traitement en fonction des nouveaux besoins. - avec les biologistes interpréteurs pour comprendre les besoins et définir les pratiques. *Mise en œuvre et maintien des workflows bioinformatiques Le/la candidat/e participera à l’évolution du rapport de synthèse, au maintien des workflows de production, ainsi qu’au développement de nouveaux outils d’aide à l’interprétation des résultats. Préparation et participation aux réunions d’interprétation (RVI) d'AURAGEN Le/la candidat/e participera aux réunions d’interprétation pour : - apporter l’éclairage méthodologique nécessaire à la bonne interprétation des résultats - instruire les réponses aux interrogations et/ou demandes d'analyses complémentaires - alerter sur des problèmes potentiels en amont (contamination, limites de détection d'un logiciel) *Participation active au groupe régional AURAGEN Participation aux réunions transversales du projet Auragen; Participation à la formation des biologistes. Déplacements envisagés entre les deux sites (Grenoble et Lyon). *Politique Qualité Participation au processus qualité en lien avec l’ingénieur qualité de la plateforme Auragen. Titulaire d’un diplôme d’ingénieur ou d’une thèse en bioinformatique ou en biologie humaine/cancérologie. Compétences requises : - Expérience préalable dans l’analyse des données de séquençage - Connaissances des outils bioinformatique principaux de la génomique (bwa, GATK, …) - Maîtrise des langages Bash / Awk et R Compétences très appréciées : - Expérience en analyse somatique de génomes humains (WGS/WES) : variations ponctuelles et variations du nombre de copies - Expérience des outils et pratiques de développement collaboratif (git) - Expérience avec un gestionnaire de workflow (nextflow) - Expérience de travail dans un environnement HPC Capacités organisationnelles et interpersonnelles Aptitude à communiquer son travail auprès de biologistes Motivation et dynamisme Autonomie et travail en équipe Goût pour les applications en biologie/médecine Centre Léon Bérard Le Centre Léon Bérard (#CLB), membre de la fédération Unicancer, est LE pôle de référence régional en cancérologie. Regroupant 2.300 collaborateurs sur un site unique à Lyon 8ème, nous sommes à la fois un hôpital et un centre de recherche. Nous assurons 3 missions essentielles : - Le soin : nos équipes soignantes prennent en charge plus de 42.000 patients par an, avec des soins personnalisés et innovants - La recherche : nos chercheurs et médecins travaillent main dans la main, couvrant les domaines de la recherche fondamentale, translationnelle et clinique - L’enseignement : chaque année, nous assurons la diffusion des savoirs et formons nos collaborateurs et des professionnels extérieurs Au Centre Léon Bérard, nous vous proposons : - En moyenne, 25 jours de repos par an (en plus de 5 semaines de congés payés). - La possibilité d’alimenter un Compte Epargne Temps (CET). - Une carrière évolutive avec un accompagnement et des formations adaptés. - Une mutuelle qui couvre l’ensemble de la famille, y compris le (la) conjoint(e), sans surcoût. - Une crèche d’entreprise, un self, un comité d’entreprise de proximité, un accès à notre salle de sport, un plan vélo, etc. Faites LA DIFFERENCE, en choisissant un TRAVAIL DIFFERENT ! Nous rejoindre, c’est : - Accomplir un travail qui compte et où chacun compte. - Vivre au quotidien des expériences enrichissantes. - Travailler avec plaisir au sein d’une communauté à l’ambiance conviviale. - Construire votre parcours et grandir dans une structure apprenante. - Concilier « vivre et travailler ». Dans le cadre de sa politique diversité, le Centre Léon Bérard étudie, à compétences égales, toutes les candidatures dont celles de personnes en situation de handicap. Découvrez l’univers Centre Léon Bérard ! Centre Léon Bérard Lyon Diplôme d’ingénieur ou thèse en bioinformatique ou en biologie humaine/cancérologie. Débutant (moins de 2 ans), Expérimenté (2 à 5 ans), Confirmé (5 ans et plus) CDD / Remplacement Ingénieur