Ingénieur-e en analyses métabolomiques et protéomiques par spectrométrie de masse h/f

Vos missions en quelques mots Mission : L'ingénieur-e a pour mission de mettre en œuvre les approches métabolomiques et protéomiques par spectrométrie de masse afin de réaliser le phénotypage moléculaire des souches de bactéries, levures et microalgues générées par l'unité. Activité : - Choisir, adapter et développer, si nécessaire, les méthodes d'analyse métabolomiques et protéomiques en fonction des objectifs des projets - Conseiller les utilisateurs - Mettre en œuvre expérimentalement la préparation des échantillons et réaliser les analyses MS (métabolomiques et protéomiques) - Traiter les données (analyser, interpréter et valider les résultats) et en garantir le suivi et la qualité - Assurer le suivi métrologique des équipements du service - Gérer et organiser les moyens techniques et les stocks de réactifs et consommables - Assurer un reporting régulier des projets et communiquer les résultats sous forme de rapports d'analyse et documents scientifiques - Assurer une veille scientifique et technologique dans ces domaines d'activité - Appliquer et faire appliquer les règles d'hygiène et de sécurité - Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications - Participer aux tâches collectives au sein de l'équipe ainsi qu'à la formation des stagiaires Profil recherché Contexte : La Biofonderie de l'Alliance Sorbonne Université (BFASU) est organisée autour de trois grandes plateformes : 1/ la DNA foundry (clonages et séquençage automatisés à haut débit, installation sept-nov 2024), 2/ la Microbe foundry (plateforme automatisée d'ingénierie et de phénotypage de microorganismes) et 3/ la plateforme de spectrométrie de masse (protéomique et métabolomique, installation en octobre 2024). Afin de pouvoir assurer le service aux utilisateurs et partenaires, la plateforme de spectrométrie de masse joue un rôle central pour les analyses protéomiques et métabolomiques des souches créées à haut débit par la DNA Foundry et la Microbe Foundry. Cette activité en spectrométrie de masse est essentielle pour les partenariats avec les industriels pour lesquels la majorité des projets concerne l'ingénierie métabolique de différents microorganismes pour la production de molécules d'intérêt industriel. La caractérisation des nombreuses souches produites nécessitera des analyses systémiques des protéines et métabolites par spectrométrie de masse. L'ingénieur-e sera placé sous la responsabilité scientifique et hiérarchique de l'expert en spectrométrie de masse (IRHC CNRS). Competence : Savoirs : - Connaissance approfondie de la chromatographie liquide haute performance associée à la spectrométrie de masse en tandem haute résolution par couplage electrospray (LC-MS/MS) - Connaissance approfondie des méthodes de préparation et d'analyse (ciblée et non ciblée) par LC-MS/MS d'échantillons de type métabolites /petites molécules mais également protéiques - Connaissance approfondie des méthodes et outils relatifs aux traitements bio-informatiques et statistiques des données métabolomiques et protéomiques Savoir-faire : - Maîtrise pratique des méthodes de préparation d'échantillons (métabolites et protéines) avant analyse LC-MS/MS - Maîtrise technique dans la réalisation et l'optimisation de méthodes analytiques LC-MS/MS dédiées aux métabolites et protéines - Maîtrise pratique des logiciels relatifs à l'analyse quantitative et structurale des métabolites par MS (bases de données, réseaux moléculaires) - Expérience pratique des logiciels relatifs à l'analyse quantitative des données protéomiques (approches bottom-up en mode données dépendantes et indépendantes) - Maîtrise pratique des méthodes et logiciels relatifs au traitement statistique des jeux de données en métabolomique et/ou protéomique - Une expérience en programmation serait un plus - Capacité à mettre en œuvre les règles d'hygiène et de sécurité - Savoir informer et rendre compte - Maîtrise de la langue anglaise (niveau B2, cadre européen commun de référence pour les langues) Savoir-être : - Sens de l'organisation et de la gestion des délais - Rigueur et bonne capacité de raisonnement et d'analyse - Aisance relationnelle et sens du travail en équipe - Capacité de prospective et de formation aux nouvelles techniques - Bonnes qualités rédactionnelles et de présentation orale Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français Seuil