La/le postdoc recruté/e sera intégré dans l’équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOMS). Mission : (1) simulations informatiques dans le cadre du projet SELDOM, en se concentrant sur les interactions entre les lipides et les protéines dans les gouttelettes lipidiques ; (2) développement et la maintenance du code POP_MD pour les simulations de dynamique moléculaire hors équilibre de systèmes biologiques.
Activités
La personne recrutée aura la charge de :
• Contribuer aux différentes tâches liées à la modélisation des lipides et des protéines membranaire impliquées dans la biogenèse de gouttelettes lipidiques, .
• Développer et implémenter l’algorithme POP-MD dans le logiciel OpenMM pour la préparation des simulations gros-grain avec le champ de force Martini, y inclus la préparation des systèmes de protéines membranaires.
• Contribuer au développement du champ de force Martini 3 pour les lipides neutres (esters du cholestérol) et des protéines ; en particulier, la personne recrutée s’occupera de l’optimisation des paramètres pour les lipides neutres.
• Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l’analyse des trajectoires de simulations moléculaires, réalisées par l’équipe MOMS.
• Développer des tutoriels pour illustrer e fonctionnement des différentes outils bioinformatiques utilisé dans l’équipe, et le partager sur le site GitHub de l’équipe.
Compétences
• Connaissances théorique et pratique des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire, et en particulier du logiciel GROMACS.
• Connaissances théoriques générales dans le domaine de la physique statistique, et connaissance des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.
• Connaissances générales de biologie structurale (membranes biologiques, protéines membranaires).
• Connaissances théorique et expérience souhaitée avec le champ de force Martini 3.
• Connaissances pratiques du système d’exploitation Linux (incluant les bases de l’administration des systèmes), du language bash et d’ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.
• Connaissances pratiques du langage Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d’analyse de données.
Contexte de travail
Les recherches menées au laboratoire MMSB sont axées principalement sur la microbiologie et la biologie structurale. Dans MMSB, l'équipe MOMS s'intéresse principalement à la structure et au fonctionnement des membranes biologiques, en utilisant la bioinformatique et les simulations moléculaires. En outre, MOMS participe au développement du champ de force de Martini et nous développons des logiciels et des méthodologies pour les simulations moléculaires de systèmes biologiques.
Le chef d'équipe de MOMS est Luca Monticelli. Cécile Hilpert est ingénieure logicielle dans la même équipe et sera la personne à contacter pour les tâches techniques.
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.
Les recherches menées au laboratoire MMSB sont axées principalement sur la microbiologie et la biologie structurale. Dans MMSB, l'équipe MOMS s'intéresse principalement à la structure et au fonctionnement des membranes biologiques, en utilisant la bioinformatique et les simulations moléculaires. En outre, MOMS participe au développement du champ de force de Martini et nous développons des logiciels et des méthodologies pour les simulations moléculaires de systèmes biologiques.
Le chef d'équipe de MOMS est Luca Monticelli. Cécile Hilpert est ingénieure logicielle dans la même équipe et sera la personne à contacter pour les tâches techniques.
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.
Contraintes et risques
Travail à l’ordinateur.
Travail à l’ordinateur.
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