H/f ingénieur·e d’études en bioinformatique

Date de publication : mardi 22 avril 2025

Durée du contrat : 12 mois

Date d'embauche prévue : 1 septembre 2025

Quotité de travail : Complet

Rémunération : Entre 2500e et 3700€

Niveau d'études souhaité : BAC+3 / 4

Expérience souhaitée : Indifférent

BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Développer de nouveaux pipelines d’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS.

Activités

* Développement de pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique ;
* Analyse des projets (lectures courtes et longues) dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq) en collaboration avec les chercheurs ;
* Évaluation des outils IA pour l’annotation structurale de génomes mal ou peu annotés ;
* Contributions à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues ;
* Participation et présentation des avancements de projets lors de réunions mensuelles internes, séminaires ou congrès.

Compétences

* Maîtrise des langages / outils :
* Python ou Java et des notions de programmation objet ;
* R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques ;
* Un ou plusieurs gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan…) ;
* Utilisation de Git et GitHub pour le suivi des versions du code source.

La maîtrise du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise pour ce poste. Une expérience avec des outils de conteneurisation (Docker, Singularity, Podman, Conda…) et des outils de soumissions de tâches sur les clusters de calcul (SLURM, HT-Condor…) serait un plus.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques est essentielle, car l’analyse des données sera effectuée en étroite interaction avec les biologistes.

La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer notre plateforme.

Contexte de travail

L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.

Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire.

L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution.

La plateforme GenomiqueENS de l’IBENS existe depuis 1999 et a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle.

L’équipe est composée de 6 personnes réparties entre biologistes et bioinformaticiens. La plateforme certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et membre du consortium France Génomique, propose des services collaboratifs et développe également des projets de R&D.

Notre plateforme est reconnue au niveau national et international pour ses développements technologiques dédiés au RNA-seq utilisant des séquenceurs nanopores.

Pour l’ensemble de ces services, nous avons développé différents outils modulaires permettant d’automatiser le traitement et l’analyse des données brutes produites par les séquenceurs pour fournir aux biologistes des résultats interprétables.

L’équipe d’accueil de la plateforme GenomiqueENS, dirigée par Morgane Thomas-Chollier, comprend 3 ingénieurs biologistes et 3 ingénieurs bioinformaticiens.

Le / la candidat

* Travaillera en étroite collaboration avec l’équipe bioinformatique de la plateforme sous la responsabilité de Laurent Jourdren.

Contraintes et risques

Travail sur écran et en présentiel sur site à l’IBENS.

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