Chercheur(e) en bioinformatique et statistiques (h/f)

Informations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR5239-FABDUV-007 Date de début de diffusion 10/06/2026 Date de parution 11/06/2026 Date de fin de diffusion 01/07/2026 Intitulé long de l'offre Chercheur(e) en Bioinformatique et Statistiques (H/F) Date limite de candidature 01/07/2026 Nature du contrat CDD d'1 an Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Chercheuse / Chercheur Statut du poste Vacant Intitulé du poste Chercheur(e) en Bioinformatique et Statistiques (H/F) Descriptif de l'employeur Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique. Description du poste Missions : Développer des outils bioinformatiques et statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques à haut débit et utiliser ces outils pour quantifier l’effet des mutations aléatoires sur la plasticité d’expression des gènes de levure. Activités : Afin de déterminer comment les mutations aléatoires contribuent à l’évolution de la régulation d’expression des gènes, l’équipe a développé deux outils complémentaires : i) une approche de transcriptomique à haut débit (microcolony RNA-seq) permettant de quantifier les niveaux d’ARNm de milliers de génotypes de levure (S. cerevisiae) dans différents environnements ; ii) un package R (HTRfit : https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/yvertlab/vortex/plasticity_mutation/HTRfit) permettant de simuler et d’analyser de grands jeux de données RNA-seq à l’aide de modèles mixtes. Vous serez amené(e) à : 1. Mettre en place une approche statistique s’appuyant sur HTRfit pour comparer les distributions d’effets des mutations aléatoires sur l’expression de différents gènes dans différents environnements. Une analyse de puissance sera effectuée sur des données simulées, puis l’approche sera appliquée à l’analyse de données transcriptomiques générées par microcolony RNA-seq. 2. Participer à la diffusion des outils développés, notamment par la participation à un ou plusieurs congrès scientifique et par la contribution à l’écriture d’articles méthodologiques, notamment une application note décrivant le logiciel HTRfit. Ces missions s’inscrivent au coeur du projet européen eGRIDE dont l’ambition est de comprendre les mécanismes d’évolution de la régulation d’expression des gènes en fonction de l’environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l’évolution de la régulation génique dépend d’une part de l’effet des mutations aléatoires – « Quel champ des possibles ? », et d’autre part de la sélection – « Quels bénéfices et coûts de la régulation ? ». Les connaissances acquises dans le cadre de ce projet permettront de mieux prédire l’évolution de la régulation des gènes, que ce soit lors de l’adaptation des espèces à leurs environnements naturels qui sont dynamiques ou lors de certains processus pathologiques. Contexte de travail : Vous travaillerez sous la direction scientifique de Fabien Duveau (chargé de recherche) dans l’équipe « Complexité génétique des systèmes vivants » (http://www.ens-lyon.fr/LBMC/gisv/index.php/fr/) au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (UMR5239) à l’ENS de Lyon. Le LBMC est une institution de recherche de pointe dédiée à l'étude des mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire. Nous combinons des approches expérimentales en biologie moléculaire, cellulaire et génétique avec des méthodes de modélisation mathématique et informatique pour comprendre les processus complexes qui régulent le fonctionnement des cellules. Vous bénéficierez de l’environnement hautement interdisciplinaire au sein de l’équipe et du lab Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr Conditions particulières d'exercice Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche. Descriptif du profil recherché Competences : Savoirs / connaissances - Bonne compréhension des approches NGS (Next-Generation Sequencing), en particulier le RNA-seq. - Connaissances de base en génétique évolutive - Maîtrise de l’anglais scientifique (oral, écrit). Savoir-faire - Connaissance théorique et pratique en programmation et biostatistique (langages R, bash, python), notamment pour l'utilisation de modèles linéaires généralisés mixtes - Maîtrise de l’environnement Unix/Linux - Maîtrise des outils de traçabilité et de développement collaboratif de codes informatiques (git). - Connaissance des outils de portabilité de codes fortement recommandée (conteneurs Docker, Singularity ou autre). - Connaissance de l’implémentation de pipelines sous Nextflow. - Capacité à transmettre et expliquer des simulations et analyses statistiques complexes à l’aide de figures et à l’écrit. - Capacité à trouver des solutions innovantes à des problèmes statistiques ou bioinformatiques de façon autonome par des recherches bibliographiques et discussion avec des experts. Savoirs-être - Travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux, bioinformaticiens et biostatisticiens. - Capacité à s’intégrer à une équipe pour mener à bien un projet de recherche ambitieux. Contraintes et risques : Temps plein Oui Rémunération contractuels (en € brut/an) A partir de 3071 euros bruts mensuel selon expérience Localisation du poste Europe, France, Auvergne-Rhône-Alpes, Rhône (69) Géolocalisation du poste LYON 07 Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 69364 LYON 07 (France) Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français (Seuil)