Ingénieur d'étude en microscopie électronique - reconstruction 3d par fib-sem (h/f)

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'étude en microscopie électronique - Reconstruction 3D par FIB-SEM (H/F)
Référence : UMR9198-CLABOU-005
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : mardi 9 septembre 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 2571€ et 2742 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+3/4
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur en experimentation et instrumentation biologiques

Missions

La personne recrutée assurera l’analyse 3D par la technique de FIB-SEM de la micro-algue Chlamydomonas, dans le cadre du projet ANR Secret Story qui débute au 1er janvier 2026.
La personne recrutée sera en charge de : préparation des blocs de résine pour l’acquisition en MET et en FIB-SEM (en collaboration avec les partenaires de l’ANR), acquisition 3D au FIB-SEM, traitement des données pour l’analyse d’image (alignement, pre-processing, débruitage) et segmentation du système endomembranaire de Chlamydomonas. Elle travaillera en interaction avec les autres partenaires du projet Secret Story et devra présenter les résultats obtenus lors des revues de projet.
Travaillant au sein de la plateforme, la personne participera également aux activités de la plateforme (essentiellement pour les missions de service ou de formation des utilisateurs sur les machines et protocoles utilisés pour le projet) en collaboration avec l’ingénieure de recherche responsable de la plateforme et la technicienne rattachée à la plateforme.
La personne recrutée travaillera au sein de la plateforme IMAGERIE-GIF en relation avec les membres des 2 autres plateformes d’imagerie du pole, à savoir la microscopie photonique et la cytométrie.

Activités

- Préparation d’échantillon pour la microscopie électronique en transmission et/ou pour le FIB-SEM (fixation chimique ou cryo-fixation sous haute pression, déshydratation, inclusion en résine, ultramicrotomie, observation au microscope électronique en transmission et à balayage)
- Acquisition 3D à température ambiante au FIB-SEM sur des échantillons biologiques inclus en résine
- Traitement et analyse de jeux de données 3D obtenus au FIB-SEM, mise en œuvre des protocoles de segmentation des compartiments membranaires de la micro-algue Chlamydomonas
- Valorisation des résultats (présentation orale en réunions de travail, présentation orale et par affiche en congrès, participation à la rédaction des publications)
- Accompagnement des utilisateurs à l'imagerie cellulaire par microscopie électronique sur les MET et FIB-SEM
- Participation à l’accueil de formations universitaires environnantes et de stages (licence et master) sur les MET et FIB-SEM

Compétences

- Connaissances en biologie cellulaire et en particulier sur le système de sécrétion chez les eucaryotes
- Connaissances en histologie pour l’interprétation des images acquises
- Connaissances en microscopie électronique
- Savoir préparer des échantillons biologiques pour l’observation en microscopie électronique (inclusion en résine, coupes à l’ultramicrotome, acquisition des images au microscope électronique à transmision et à balayage)
- Savoir acquérir des données 3D à température ambiante au FIB-SEM
- Savoir interpréter les images acquises pour un rendu de résultats
- Capacité à rendre compte de ces résultats lors de réunions d’équipe
- Goût pour les défis technologiques et approches innovantes
- Connaissances des protocoles d’immunomarquages et de cryofixation sous haute pression
- Maîtrise de l’anglais
- Aptitude à travailler en équipe
- Sens de l’autonomie pour avancer dans son projet
- Sens de l’organisation, rigueur et fiabilité dans l’exécution du travail
- Bonnes capacités de persévérance pour mener à bien des approches complexes et multidisciplinaires.

Contexte de travail

L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une unité mixte de recherche placée sous les tutelles du CEA, du CNRS et de l'Université Paris-Saclay. Il regroupe environ 650 agents, 61 équipes de recherches réparties en 5 départements scientifiques et 15 plateformes technologiques. L’agent recruté sera affecté à la plateforme de microscopie électronique, qui est l'une des 3 composantes du pôle d'imagerie de l'I2BC, «Imagerie-Gif», localisée dans le bâtiment 21 du campus de Gif-sur-Yvette. Ce pôle est labellisé IBiSA, certifié selon les normes IS09001 et NFX 50900 et intégré à l'infrastructure nationale France-Biolmaging. L'agent affecté à la plate-forme de Microscopie électronique, travaillera avec une ingénieure de recherche responsable de la plateforme et une technicienne. La plateforme de Microscopie Electronique permet l’accès à un parc d’équipements de préparation des échantillons (congélation haute pression, congélation-substitution, ultramicrotomie) et trois microscopes : 2 TEM JEOL1400 120kV et un FIB-SEM Crossbeam550 (Zeiss) pour les acquisitions volumiques. Des protocoles sur les méthodes d’imagerie les plus récentes (microscopie corrélative, 3D-EM, biocapteurs, analyse ratiométrique, super-ré sont développés. De nombreuses actions de formation et de valorisation sont également menées sur cette plateforme.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.