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L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE dans l’équipe de génétique quantitative MAGE, à Castanet-Tolosan (31) près de Toulouse.

Contexte et objectifs du stage

L’efficience alimentaire est un enjeu clé en élevage ovin, tant sur le plan économique (jusqu’à 2/3 des coûts d’élevage sont liés à l’alimentation) qu’écologique (gaspillage, rejets). Ce caractère est difficile à mesurer directement, ce qui rend indispensable la recherche de biomarqueurs prédictifs fiables. Ce stage s’inscrit dans la suite des projets H2020 SMARTER et GrassToGas, qui ont exploré différents « proxies » de type omics (métabolome, microbiote, spectroscopie) pour prédire l’efficience alimentaire chez les petits ruminants.

Objectifs du stage

* Estimer l’héritabilité des métabolites plasmatiques et ruminaux (quantifiés par RMN)
* Analyser les corrélations génétiques entre ces métabolites et les caractères d’efficience alimentaire
* Mener une recherche de QTL pour ces traits, selon deux régimes alimentaires (concentré vs fourrage)

Données et outils à disposition

Vous aurez accès à une base de données unique comprenant :

* Plus de 550 agneaux génotypés (puce 50K SNP)
* Suivi individuel de la consommation (aliment, eau) et des poids sur 12 semaines
* Données omics disponibles :
o Métabolomes plasmatique et ruminal (RMN)
o Microbiote ruminal (séquençage 16S)
* Logiciels et outils :
o R (analyse statistique, génétique quantitative)
o Suite BLUPF90 (estimation de paramètres génétiques et analyses GWAS)
o Données prétraitées prêtes à l’analyse

Selon l’avancée du stage :

* l’analyse du microbiote ruminal pourra être intégrée
* la participation possible à une campagne d’échantillonnage et visite des sites expérimentaux (P3R Bourges & UEF La Fage)

Références scientifiques

* Le Graverand et al., 2023 – Predicting Feed Efficiency Traits in Growing Lambs from Their Ruminal Microbiota, Animal 17(6)
* Le Graverand, 2023 – Thèse doctorale
* Martinez Boggio et al., 2022 – Host genetic control on rumen microbiota and its impact on dairy traits in sheep, Genet Sel Evol 54(1)

Pourquoi ce stage ?

* Sujet innovant à l’interface de la génétique, des omics et de la nutrition animale
* Données riches et valorisables scientifiquement (publication possible)
* Encadrement par une équipe reconnue (poursuite en thèse envisageable)
* Localisation proche de Toulouse, dans un environnement de recherche dynamique (INRAE)


Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formations recherchées : Génétique Animale, Production Animale, Statistiques/Analyses de données

Connaissances souhaitées : Maitrise de R pour le traitement des données ; Sensibilité aux enjeux de l’élevage durable


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique, notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. À ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr

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