Ingénieur meditwin en modélisation et couplage de simulateurs 0d/3d

Contexte et atouts du poste

Le projet MEDITWIN est un projet collaboratif en santé numérique, fruit d’une coopération entre trois acteurs majeurs : Dassault Systèmes, IHU France et Inria. L’objectif est de révolutionner les pratiques médicales, par le biais du développement de jumeaux numériques personnalisés des organes, du métabolisme, de tumeurs cancéreuses pour mieux comprendre, mieux diagnostiquer et mieux soigner.
10 équipes de recherche Inria, réparties en 5 centres, sont impliquées dans le projet.

Parmi ces 10 équipes, l'équipe SIMBIOTX apporte à MEDITWIN des modèles mathématiques de la circulation sanguine. En particulier, certains modèles requièrent l’utilisation couplée de modèles simples, rapides, applicables à “grande” échelle spatiale (corps humain entier), et de modèles très précis et complexes, mais lents, à “petite” échelle (coeur, zoom sur gros vaisseaux). Ces deux types de modèles sont basés sur des logiciels différents.

Ce poste vise à construire, dans un premier temps, un mécanisme de couplage générique entre ces deux types de modèles, puis d'étendre ce mécanisme à d'autres types de modèles utilisés dans le projet MEDITWIN.

Le poste est ouvert au centre Inria de Saclay. Le(la) recruté(e) intégrera le Service Expérimentation et Développement (SED). L’affectaction porte sur une durée de 12 mois renouvelables.

Mission confiée

L’équipe-projet SIMBIOTX est impliquée dans le projet MEDITWIN sur la thématique Cardiopédiatrie et développe des modèles couplés 0D-3D.

Le(la) recruté(e) aura pour mission de construire un mécanisme d’intéropérabilité générique entre les différentes parties de ces modèles couplés, réalisées chacune avec leur propre logiciel indépendant.La première application pratique sera le couplage d’un modèle 0D (utilisant LumpedFlux, développé par SIMBIOTX) avec un modèle 3D (utilisant FELiScE, également développé à l’Inria mais par une autre équipe-projet COMMEDIA) dans le cadre de MEDITWIN.

A terme, cette bibliothèque de couplage a vocation à être utilisée plus largement, et devra autant que possible être agnostique aux “types” de modèles couplés, méthodes numériques, et au matériel (par exemple, GPU).
Des bibliothèques open source spécialisées existent, mais sont insuffisamment génériques, trop spécialisées sur les aspects mathématiques ou physiques, ou d’usage trop difficile pour être utilisées quotidiennement par des équipes de recherche sans ingénieurs logiciel dédiés.

Au-delà de ces missions principales, l’ingénieur sera amené à collaborer avec les acteurs du projet MEDITWIN.

Pour en savoir plus sur les missions et le périmètre du métier d’ingénieur de développement chez
Inria :

Principales activités

1. Revue de l’état de l’art des bibliothèques de couplage spécialisées en modélisation physique;
2. Construire le cahier des charges, en collaboration avec les chercheurs et ingénieurs impliqués dans le projet, d’une bibliothèque dédiée à l’interopérabilité des logiciels de modélisation en hémodynamique, suffisamment générique pour être intégrée à plusieurs des logiciels existants;
3. Conception, documentation et implémentation d’une première version de cette bibliothèque;
4. Intégrer cette bibliothèque à LumpedFlux (hémodynamique 0D) et FELiScE (3D), deux logiciels développés à l’INRIA, de manière à permettre la création des modèles couplés nécessaires pour MEDITWIN; voire d’autres codes selon l’avancement des travaux.

Compétences

5. Connaissances solides et expérience en développement logiciel;
6. Expérience avec des technologies d’intéropérabilité courantes, telles que: Protocoles de messagerie (eg protobuf), RPC; Middlewares (eg Apache Kafka); Librairies d’intéropérabilité génériques (eg Kafka Connect).
7. Bon niveau technique en C++ (la plupart de nos logiciels utilisés en hémodynamique sont écrits en C++), connaissance minimum de Python;
8. Compréhension des problématiques de maintenabilité sur le long terme et bonne connaissance des techniques de test logiciel;
9. Un intérêt pour les mathématiques appliquées ou la modélisation mécaniste sera un plus;
10. Anglais technique courant.
11. Travail d’équipe, en particulier dans un contexte interdisciplinaire (chercheurs, professionnels de santé);
12. Qualité de synthèse et rédactionnelles (documentation fonctionnelle et technique);
13. Une expérience en tant que contributeur/trice sur des projets open source sera un plus.

Avantages

14. Restauration subventionnée
15. Transports publics remboursés partiellement
16. Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
17. Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
18. Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
19. Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
20. Accès à la formation professionnelle
21. Sécurité sociale

Rémunération

Selon expérience