Étudiant doctorant

Explorer les effets de coproduits de fermentation sur l’holobionte végétal et sa réponse aux stress abiotiques


Contexte du projet

La dégradation croissante des sols agricoles et l’intensification des contraintes liées au changement climatique soulignent la nécessité de développer des systèmes de production plus durables, résilients et moins dépendants des intrants chimiques. Dans ce contexte, les approches agroécologiques accordent une place centrale aux processus biologiques et aux interactions biotiques susceptibles de soutenir durablement la production agricole. Parmi celles-ci, les microorganismes du sol constituent des acteurs majeurs du fonctionnement des agroécosystèmes en participant à la nutrition des plantes, à la régulation des stress biotiques et abiotiques ainsi qu’au maintien de la qualité des sols.

Les microorganismes bénéfiques associés aux plantes, tels que les bactéries promotrices de croissance (PGPR) ou les champignons mycorhiziens arbusculaires, suscitent un intérêt croissant en raison de leur potentiel à améliorer la résilience des cultures. Toutefois, malgré les avancées récentes dans la compréhension des interactions plante–microbiote, les mécanismes gouvernant ces relations demeurent encore partiellement élucidés. La forte dépendance de ces interactions aux caractéristiques du sol, aux conditions environnementales et au génotype des plantes limite notamment la prédiction de leurs effets et le déploiement de solutions microbiennes robustes en conditions agronomiques.

L’identification de nouvelles ressources capables d’interagir avec ces communautés microbiennes représente ainsi un enjeu scientifique et agronomique majeur. Dans cette perspective, la transition vers une bioéconomie circulaire ouvre de nouvelles opportunités de valorisation de coproduits issus des procédés industriels de fermentation. Encore largement sous-exploitées, ces matrices résiduelles peuvent renfermer des composés bioactifs susceptibles d’influencer les interactions entre les plantes et leur microbiote, de moduler le fonctionnement de l’holobionte végétal et de renforcer la capacité des cultures à faire face aux stress environnementaux. Cependant, leur composition, leurs modes d’action et leur potentiel agronomique restent encore largement méconnus.

C’est dans ce contexte qu’Unilasalle propose une these qui ambitionne d ’évaluer l’impact de l’application de coproduits issus d’un procédé de fermentation sur le fonctionnement du sol et la dynamique des éléments nutritifs au sein du système sol-plante. En combinant caractérisation physicochimique, microbiologie, biologie moléculaire, bioinformatique et expérimentations en conditions contrôlées, le projet vise à mieux comprendre les mécanismes d’interaction entre ces coproduits, les microorganismes bénéfiques du sol et les plantes. Les connaissances générées contribueront à l’identification de nouvelles stratégies de valorisation de ressources issues de la bioéconomie circulaire au service d’une agriculture plus durable et résiliente.


Objectifs et approches

Ce travail repose sur l’hypothèse que les co-produits de procédés de fermentation pourraient constituer une source de composés bioactifs capables de moduler la composition, l’activité et les fonctions du microbiote rhizosphérique. Une telle modulation pourrait influencer les interactions plante–microorganismes, favoriser l’acquisition des éléments nutritifs et contribuer à améliorer la tolérance des plantes aux contraintes environnementales. Ces propriétés ouvrent des perspectives prometteuses pour le développement de solutions biosourcées destinées à accompagner la transition vers des systèmes agricoles plus durables.

Dans ce contexte, la thèse vise à évaluer la capacité d’un coproduit issu d’un procédé de fermentation à moduler l’holobionte végétal et la réponse des plantes à une déficience en élément nutritif. Les travaux s’articuleront autour de trois objectifs complémentaires : (i) caractériser la composition chimique du coproduit afin d’identifier les molécules et fractions susceptibles de présenter une activité biologique par des approches muti omiques et in silico; (ii) évaluer in vitro ses effets sur différentes souches des microorganismes bénéfiques associés au système sol–plante et déterminer les mécanismes moléculaires associées ; (iii) étudier l’impact de son application sur la structure et l’activité du microbiote rhizosphérique ainsi que sur la croissance, la nutrition minérale et la réponse physiologique de la plante soumise à un stress nutritionnel par des approches de biologie moléculaire et de biochimie.


Profil recherché

Le/la candidat(e) devra être titulaire d’un Master 2 ou d’un diplôme d’ingénieur en sciences du végétal, biotechnologies ou domaine équivalent, avec une formation initiale en biologie végétale et/ou microbiologie, et un intérêt marqué pour les approches analytiques et bioinformatiques.

Une ouverture vers l’analyse de données biologiques et la bioinformatique sera fortement appréciée.

Des profils de bioinformaticiens souhaitant compléter leur formation par une approche expérimentale en microbiologie et biologie végétale sont également encouragés à candidater.


Compétences :

· Rigueur scientifique et sens de l’organisation

· Curiosité et motivation pour la recherche interdisciplinaire

· Bonnes capacités rédactionnelles

· Maîtrise des statistiques et du logiciel R

· Compétences en analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) et métabarcoding

· Expérience ou intérêt pour la mise en place et le suivi d’expérimentations en conditions contrôlées (laboratoire / serre)

· Niveau d’anglais B2 minimum (écrit et oral)

· Permis B apprécié



L’unité de recherche de rattachement

La thèse sera réalisée au sein de l’unité de recherche AGHYLE d’UniLaSalle. L’unité est une unité de recherche propre à UniLaSalle, labellisée hcéres, sous tutelle des ministères MESIR et MASA, elle est membre de l’École Doctorale « Sciences, Technologie, Santé » d’A2U (Artois, UPJV, ULCO).

L’unité s’intéresse aux différentes dynamiques pouvant exister à l’interface roche-eau-sol-plante-atmosphère, et possède une expertise particulière quant à l’étude de la réponse des plantes au pédoclimat, à différentes échelles (du génotype aux communautés cultivées). L’unité regroupe 45 membres (22 enseignants-chercheurs et 3 DR dont 7 HDR, 8 personnels d’appui technique à la recherche, 8 doctorants, 1 post-doc) associant des compétences en biogéochimie, sciences du sol, écologie du sol, hydrologie, hydrogéologie, géophysique, chimie analytique et écophysiologie, écologie fonctionnelle et génétique végétale.


Encadrement et équipe de travail :

Le/la doctorant(e) sera accompagné(e) par l’équipe suivante :

- Isabelle Trinsoutrot Gattin (Dr, directrice de l’unité de recherche AGHYLE), directeur de la thèse (UP AGHYLE, UniLaSalle) ;

- Stéphane Firmin (Dr, directeur adjoint de l’unité de recherche AGHYLE, co-encadrant de la thèse (UP AGHYLE, UniLaSalle) ;


Informations et contacts

La durée du projet est de 3 ans, du 1er septembre 2026 au 31 Aout 2029.

Le salaire brut mensuel approx. 2300 euros (1800 euros net)


Le dossier de candidature, constitué d’un CV, de vos relevés de notes de Master ou 4ème et 5ème année post-bac ingénieur et d’une lettre de motivation, est à envoyer par e-mail avant le 3 juillet 2026 à stéphane.firmin@unilasalle.fr