Vos missions en quelques mots Sujet de thèse : Le projet DigiTREAT est financé dans le cadre du programme PEPR Santé numérique (France 2030 – ANR) afin de développer le premier jumeau numérique médical multi-échelle dédié à la polyarthrite rhumatoïde (RA-DT). Le projet est coordonné par le professeur Anna Niarakis au Centre de Biologie. Le/La doctorant(e) travaillera sur la construction et le calibrage d'un modèle générique multi-échelle intégrant des données omiques accessibles au public. Pour cela, il/elle devra : - Analyser et intégrer des ensembles de données omiques issues de cellules individuelles et de populations. - Développer des modèles computationnels prédictifs. - Étalonner et valider des modèles computationnels à l'aide de données expérimentales. - Améliorer des performances prédictives et de la précision biologique. - Contribuer à la découverte de biomarqueurs. La personne recrutée devra être titulaire d'un Master Bio-Informatique, Biologie Computationnelle ou dans un domaine connexe. Le projet requiert une expérience avec les données omiques (scRNA-seq et/ou bulk), des compétences en programmation : R, Python (la maîtrise de C++ est un atout), de solides compétences analytiques et interdisciplinaires, ainsi que la maîtrise de l'anglais. Contexte : Le projet DigiTREAT, financé par le programme PEPR Digital Health, vise à développer un jumeau numérique multi-échelle pour la polyarthrite rhumatoïde (PR) en intégrant la modélisation computationnelle, les données omiques et les cohortes cliniques. Le projet répond à un besoin clinique majeur non satisfait : prédire la réponse au traitement dans les maladies auto-immunes complexes. Le poste est basé au Centre de Biologie Intégrative (CBI) de Toulouse, un centre de recherche commun au CNRS et à l'Université Toulouse III – Paul Sabatier dédié à la biologie intégrative à toutes les échelles. Le candidat rejoindra la division de biologie des systèmes et sera supervisé par le professeur Anna Niarakis. https://cbi-toulouse.fr/en/equipe/pole-de-biologie-des-systemes-en/ Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR. Profil recherché Contraintes et risques : Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français Seuil
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