Ingénieur - ingénieure ie en séquençage ngs h/f

Avec une expérience avérée du séquençage haut-débit, cette personne devra adapter et mettre en oeuvre les techniques spécialisées de séquençage NGS (en particulier sur plateforme Illumina NextSeq500 et MiSeq, et ONT PromethION P2) pour réaliser des projets de la plateforme. L'IE optimisera et utilisera ces techniques aux différentes étapes des projets : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques), à la construction des banques et jusqu'à l'acquisition des données de séquençage à haut débit. En particulier, elle devra maîtriser le bon fonctionnement des différents équipements spécifiques au séquençage NGS (des outils de quantification et qualification des acides nucléiques aux séquenceurs). Elle mettra en oeuvre toute mesure nécessaire au bon fonctionnement général de la plateforme en étant amené(e) à assumer des responsabilités d'intérêt collectif (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central et les fournisseurs). Elle aura des interactions avec les autres membres de l'équipe, les services communs et des interlocuteurs extérieurs. Elle aura un rôle important pour l'organisation de l'équipe, en tant que soutien technique. Elle sera également amenée à évoluer en milieu confiné de type salle blanche. Activités - Participer à la réalisation des projets scientifiques et aux développements technologiques de la plateforme ; - Gérer et conduire de façon autonome des projets de séquençage de routine ; - Rédiger les compte-rendus des expérimentations réalisées et les fichiers de synthèse des résultats obtenus ; - Avoir une approche critique pour présenter les résultats afin d'en garantir la qualité ; - Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués ; - Gérer les moyens techniques et participer à la gestion et l'organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements) ; - Assister les utilisateurs dans l'utilisation des équipements spécifiques de la plateforme ; - Suivre les évolutions scientifiques et technologiques dans le domaine des NGS, se former pour les mettre en oeuvre ; - Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme ; - Avoir une sensibilité à la traçabilité des échantillons et aux démarches qualité seraient un plus. Compétences - Expérience professionnelle et connaissances solides en NGS (expérience de plus de 3 ans) ; - Maîtriser les techniques de base et spécialisées de biologie moléculaire : préparation et contrôle qualité des acides nucléiques (extraction, quantification et qualification), PCR, RT-PCR, construction et qualification des banques NGS, séquençage NGS ; - Maîtriser le séquençage sur plateformes Illumina (MiSeq, NextSeq500) et Oxford Nanopore Technologies (P2) ; - Maîtriser les protocoles de séquençage d'analyse sur cellule unique; - Maîtriser l'utilisation des séquenceurs et les équipements périphériques ; - Capacité à adapter des protocoles existants dans le cadre d'un projet scientifique ; - Connaissance des réglementations du domaine en hygiène et sécurité et BPL. Une sensibilité du management de la qualité serait un plus ; - Bonne connaissance des outils bureautiques et informatiques pour l'enregistrement des données, le pilotage d'appareils et pour la gestion des données acquises ; - Savoir-faire pour communiquer les résultats sous forme de rapports et/ou de restitution orale ; - Très bonne aptitude relationnelle permettant de travailler avec un large panel d'interlocuteurs ; - Anglais scientifique niveau B1 (cadre européen commun de référence pour les langues) ; - Autonomie dans les projets de routine. Contexte de travail L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d'ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l'IGFL, http://igfl.ens-lyon.fr/offres-et-technologies/platforms/sequencing-platform). Aujourd'hui, active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNA-seq, WGS-seq, ATAC-seq, BS-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Dual RNA-seq, sc/snRNA-seq & ATACseq, miRNA-seq, Amplicons-seq, ), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (ie NGS short-reads : Illumina NextSeq 500 et Miseq; NGS long reads : ONT PromethION; Single Cell : 10X Genomics Chromium iX, Parse Biosciences Evercode, BD Biosciences Rhapsody, ). Pour poursuivre son développement et répondre aux besoins croissants de séquençage des utilisateurs académiques et privés, la plateforme recherche un-e Ingénieur-e d'Étude (IE), expert-e du domaine de séquençage NGS. Cette personne sera placée sous la responsabilité directe des responsables scientifiques et techniques de la plateforme NGS, Sandrine Hughes et Benjamin Gillet. La personne recrutée devra interagir avec les membres de la plateforme et les différents utilisateurs, qu'ils soient membres de l'IGFL ou extérieurs (large panel d'interlocuteurs : chercheurs statutaires, post-doctorants, étudiants, personnels techniques). L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d'ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l'IGFL, http://igfl.ens-lyon.fr/offres-et-technologies/platforms/sequencing-platform). Aujourd'hui, active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNA-seq, WGS-seq, ATAC-seq, BS-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Dual RNA-seq, sc/snRNA-seq & ATACseq, miRNA-seq, Amplicons-seq, ), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (ie NGS short-reads : Illumina NextSeq 500 et Miseq; NGS long reads : ONT PromethION; Single Cell : 10X Genomics Chromium iX, Parse Biosciences Evercode, BD Biosciences Rhapsody, ). Pour poursuivre son développement et répondre aux besoins croissants de séquençage des utilisateurs académiques et privés, la plateforme recherche un-e Ingénieur-e d'Étude (IE), expert-e du domaine de séquençage NGS. Cette personne sera placée sous la responsabilité directe des responsables scientifiques et techniques de la plateforme NGS, Sandrine Hughes et Benjamin Gillet. La personne recrutée devra interagir avec les membres de la plateforme et les différents utilisateurs, qu'ils soient membres de l'IGFL ou extérieurs (large panel d'interlocuteurs : chercheurs statutaires, post-doctorants, étudiants, personnels techniques).