Apprenti(e) concepteur / développeur informatique appliqué à la bioinformatique f/h

Vos missions en quelques mots L’apprenti(e) participera à : • La conception, au développement et à l’évolution de pipelines d’analyse bioinformatique ; • L’intégration, l’automatisation et l’orchestration d’outils de traitement de données génomiques et transcriptomiques ; • La mise en œuvre et l’évaluation de nouvelles méthodes d’analyse de variants génétiques et de données omiques ; • L’exploitation et l’interprétation technique de données issues de technologies variées : DNA-seq, RNA-seq, long reads, transcriptomique et autres jeux de données omiques ; • La structuration, la fiabilisation et la reproductibilité des traitements informatiques ; • Le développement de scripts, modules et outils facilitant le contrôle qualité, le post-traitement, • L’agrégation et la restitution de résultats ; • La documentation technique des développements réalisés ; • La veille technologique et méthodologique sur les outils et approches d’analyse en bioinformatique ; • La participation aux échanges avec les utilisateurs / biologistes / bioinformaticiens pour adapter les développements aux besoins des projets. Les travaux pourront porter sur : • Le développement de workflows reproductibles pour l’analyse de données de séquençage ; • L’évaluation comparative d’outils et de stratégies d’analyse ; • L’amélioration des performances, de la robustesse et de la traçabilité des pipelines ; • Le traitement et l’exploitation de données omiques issues de cohortes ou d’activités cliniques ; • La standardisation des sorties d’analyse et des indicateurs qualité ; • La contribution à des projets en lien avec les maladies rares, l’oncologie ou d’autres applications de génomique clinique et translationnelle. Profil recherché Diplôme : Étudiant(e) en Master bioinformatique, informatique, data science, génomique computationnelle ou domaine proche, recherchant un contrat d’apprentissage. Niveau d’étude : Préparant un master Niveau d’expérience : Pré-licence ou licence dans un domaine connexe (Bio-informatique, data science, génomique computationnel) Compétences : •Bon niveau en programmation, en particulier Python ; •Connaissance de l’environnement Linux / shell ; •Intérêt pour l’automatisation de traitements et les workflows ; •Appétence pour la gestion de données volumineuses ; •Intérêt pour la bioinformatique, la génomique et l’exploitation de données cliniques et biologiques ; •La connaissance d’outils ou concepts de type Git, Docker/containers, workflow managers, formats de données de séquençage constitue un plus. Prérequis : •Bon niveau en programmation, en particulier Python ; •Connaissance de l’environnement Linux / shell ; Savoir-faire et savoir être : •Rigueur et sens de l’organisation ; •Capacité d’analyse et de résolution de problèmes ; •Goût pour le développement et l’amélioration continue ; •Capacité à documenter son travail ; •Anglais niveau professionnel ; •Aptitude à travailler en équipe pluridisciplinaire.