Ingénieur / ingénieure de recherche scientifique (h/f)

Mission :
Dans le cadre du projet ERC ORION, nous sommes à la recherche d'un ingénieur d'étude (H/F) avec une expérience dans la biologie moléculaire, l'entomologie, la muséologie et les bases de données. L'objectif principal du projet vise à relier microévolution et macroévolution en testant si les processus au niveau des populations (isolement, différenciation écologique et phénotypique, persistance) déterminent les taux de spéciation et l'évolution des niches et des phénotypes aux échelles de l'espèce. Le candidat ou ou la candidate aura la charge de l'élevage de Papilio machaon pour estimer les taux de mutation génomique, de développer d'une approche innovante de capture ciblée de gènes nucléaires codants à très grande échelle, d'intégrer des données de distribution issues de sources multiples, de participer à des missions internationales (musées et terrain) pour compléter la couverture taxonomique et géographique.

Activités :
Sous la responsabilité du coordinateur du projet, l'ingénieur d'étude (H/F) sera chargé de :
• Développement et mise en place de protocoles de biologie moléculaire à grande échelle :
o Développer, tester et standardiser un protocole d'extraction ADN haut débit pour un échantillonnage massif (9000–10 000 individus, 640 espèces de Papilionidae).
o Développer et appliquer une stratégie de capture ciblée de gènes nucléaires codants (test, optimisation, validation).
o Préparer et contrôler les librairies génomiques avant séquençage.
• Élevage expérimental de Papilio machaon :
o Installer et gérer les cages d'élevage, collecter les individus en nature, suivre leur développement complet jusqu'au stade adulte.
o Réaliser les prélèvements et extractions ADN pour l'estimation des taux de mutation.
• Collecte et traitement des données de distribution et des spécimens :
o Intégrer les données de distribution issues de différentes sources : plateformes citoyennes (ex. iNaturalist), collection personnelle du coordinateur, collections de musées.
o Harmoniser, contrôler et géoréférencer les données.
o Documenter les spécimens (métadonnées, phénotypes, mesures morphologiques, photographies).
o Contribuer à la collecte d'échantillons en musées et sur le terrain :
- Missions dans les grands musées internationaux ainsi que dans des collections privées.
- Collectes ciblées sur le terrain pour compléter les génomes de référence manquants.
• Gestion et structuration de bases de données :
o Concevoir et administrer une base de données intégrée regroupant données génétiques, phénotypiques, écologiques et biogéographiques.
• Encadrement technique et valorisation :
o Former du personnel (technicien de recherche) aux protocoles développés.
o Rédiger des procédures techniques et rapports méthodologiques.
o Contribuer à la valorisation des jeux de données (publications, dépôts, portails).