Ingénieur d'étude en charge d'identification moléculaire (réf. rpsi45) f/h

Fonctions : Ingénieur-e d’étude en charge d’identification moléculaire de communautés benthique : de la collecte à l’assignation taxinomique Emploi-type : Ingénieur-e en études d'environnements géo-naturels et anthropisés - A2D47 Catégorie : A Corps : IGE BAP : A CDD de 24 mois. A pourvoir à compter du 01/04/2026. Mission : Contexte : Ce poste s’inscrit dans le projet STABILO. La mission principale de l’agent-e est de développer, d’adapter et de mettre en œuvre un ensemble de méthode et technique d’inventaire et de suivi par métabarcoding. Sous la responsabilité des chercheurs impliqués (JC Leclerc, E Thiébaut, C Daguin-Thiébaut, T Comtet, DISEEM), il/elle aura plus particulièrement à charge le second objectif du projet (Intercalibrer et tester la pertinence méthodologique d’une approche de métabarcoding ADN vis-à-vis d’une approche basée sur la morphologie pour caractériser la diversité d’une communauté), et contribuera ainsi indirectement aux trois autres. Ce travail s’intègre également dans le projet de thèse de V Ferrari, avec qui l’agent interagira régulièrement. Activités principales : L’ingénieur.e participera à l’organisation du suivi des communautés et de l’échantillonnage sur le terrain (15%) : Organiser et participer à la collecte en mer (plongée) des échantillons benthiques (macroalgues, macrofaune) en partenariat avec les agents/collaborateurs en charge des suivis Préparer le matériel spécifique pour la collecte des échantillons en vue d’analyse de métabarcoding Organiser et adapter les techniques de traitement des échantillons au retour au laboratoire (pré-tri et adaptation de la méthode de fixation, cf. identification morphologique ou métabarcoding) Il/elle sera responsable de l’acquisition des données de métabarcoding (75 %) : Concevoir, mettre en œuvre et adapter des techniques de biologie moléculaire pour analyser des échantillons benthiques par métabarcoding Réaliser des extractions d’ADN et d’amplification de marqueurs pour le métabarcoding des communautés benthiques. Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage). Réaliser les analyses bioinformatiques des données de métabarcoding, en mettant en place des pipelines informatiques intégrant le nettoyage et l’assignation des séquences à des bases de données de référence. Gérer des bases de données de référence, en contribuant à leur enrichissement par de nouvelles séquences le cas échéant Mettre en place une démarche qualité de l’ensemble du processus de l’échantillonnage à l’analyse des données, dans le respect des principes F.A.I.R. Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activités Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité Suite des missions dans la rubrique "Profil Recherché" Suite des missions : Il/elle contribuera à la valorisation scientifique du projet : Rédiger des rapports d'expérience, d'études ou des notes techniques (cf. contribution aux rapports intermédiaires et finaux de projets publications). Participation à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications Transmission des connaissances et compétences Contribuer à entretenir les bonnes relations établies pour le projet avec les acteurs de terrain (professionnels, institutionnels et scientifiques) Conduite de projets : Non Encadrement : Non Exposition aux risques professionnels : OUi Exposition occasionnelle à du formaldéhyde, du tétraborate de sodium Conditions particulières d'exercice : Le service correspond à un effort d’observation régulière des écosystèmes, ce qui peut entraîner des contraintes organisationnelles pour permettre la continuité des activités d’observation et de traitement au laboratoire (Horaires décalés et travail nocturne possibles, déplacements occasionnels sur plusieurs jours) PROFIL RECHERCHE : Connaissances transversales requises : Nomenclature, méthodes et outils d'identification (connaissance approfondie) Milieux marins côtiers (connaissance générale) Techniques d’échantillonnage de communautés benthiques (connaissance générale) Intérêt pour la taxonomie benthique Dynamique de la biodiversité ADN environnemental Cadre légal et déontologique Échantillonnage : législation Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité Langue anglaise : B1 à B2 Savoir-faire : Utiliser les techniques d'échantillonnage (maîtrise) Adaptation d’un protocole de mise en œuvre d’instruments et d’analyses Réaliser des extractions d’ADN et d’amplification de marqueurs Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage) Réaliser des analyses bioinformatiques des données de métabarcoding (maitrise des logiciels spécifiques) Gérer une banque d'échantillons (maîtrise) et les métadonnées associées Encadrer / Animer une équipe Intérêt pour l’écologie de la conservation Savoir-être : Bon relationnel (communication) et sens du travail en équipe Organisation, méticulosité et rigueur Sens du service public et du service à la communauté scientifique Créativité et enthousiasme pour le terrain Un intérêt pour la plongée scientifique ainsi que la possession d’un certificat d’aptitude à l’hyperbarie (CAH) constitueront un plus au dossier. Choisir Sorbonne Université, c’est rejoindre une université engagée sur les enjeux de développement durable, de diversité, d’égalité, d’innovation, de diffusion des savoirs, d’ouverture sur le monde et de qualité de vie au travail de ses personnels. Université pluridisciplinaire de recherche intensive de rang mondial, elle s’attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle et à transmettre les connaissances issues de ses laboratoires et de ses équipes de recherche. Déployant ses formations auprès de 55 000 étudiantes et étudiants dont 4000 doctorantes et doctorants et 12300 étudiantes et étudiants étrangers, elle regroupe plus de 3300 enseignantes et enseignants, enseignantes-chercheuses et enseignants-chercheurs, chercheuses et chercheurs, près de 4 000 enseignants-chercheurs et enseignants partenaires, environ 3 000 personnels de bibliothèque, administratifs, technique, sociaux et de santé (BIATSS) et 2000 ITA partenaires. Son budget est de plus de 700 M€. Située au cœur de Paris, elle présente une organisation avec des directions interfacultaires et trois facultés de « Lettres », « Santé » et « Sciences et Ingénierie » et est présente dans plus de 27 sites en Ile-de-France et en régions http://www.sorbonne-universite.fr Ce poste est à pourvoir au sein de la faculté des sciences et ingénierie • http://sciences.sorbonne-universite.fr La Station biologique de Roscoff ( SBR ) est un centre de recherche et d'enseignement en biologie et écologie marines. Elle est sous la double tutelle du CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et de Sorbonne Université. La Station biologique possède un double statut : ­Fédération de recherche CNRS (FR2424), créée le 1er janvier 2002­ Service général de Sorbonne Université (SG n°37, UFR 937) Au sein de la SBR, l’UMR 7144 « Adaptation et Diversité en Milieu Marin » regroupe 85 agents (50 titulaires et 35 contractuels) dont 31 chercheurs et enseignants-chercheurs, et est structurée en quatre équipes de recherche : Ecogéochimie et dynamique des écosystèmes marins (EDYMAR) Ecologie du Plancton Marine (ECOMAP) Ecophysiologie des Invertebrés Marins (ECOPHY) Dispersion, Spéciation et Evolution des EspècesMarines (DiSEEM) L'équipe EDYMAR « Ecogéochimie et dynamique des écosystèmes marins » vise à évaluer la diversité et les processus écologiques dans les environnements marins, ainsi que les cycles biogéochimiques le long du continuum terre-mer dans le contexte des changements globaux. L'équipe étudie les réponses de la biodiversité marine à l'anthropisation, au changement climatique, à l'eutrophisation côtière, aux systèmes artificiels et à l'exploitation des écosystèmes côtiers, ainsi que l'impact sur leurs services. Ces recherches reposent sur une forte expertise en écologie expérimentale in situ et en laboratoire,des réseaux d'observation côtière.