RESPONSABILITÉS ET OBJECTIFS DU POSTE :
Le/la candidat·e retenu·e rejoindra l’équipe LMGE MEB dans le cadre du projet GENMOD, sous la supervision du Dr Sara BEIER. Il/elle analysera des jeux de données de métatranscriptome provenant d’environnements aquatiques présentant différents niveaux d’eutrophisation, afin d’évaluer comment les activités transcriptionnelles de la communauté dans son ensemble répondent aux fluctuations environnementales.
Plus précisément, la recherche visera à déterminer si la stabilité transcriptionnelle découle :
* Les membres de la communauté ayant une haute tolérance et, par conséquent, une grande stabilité transcriptionnelle en réponse aux fluctuations environnementales, ou
* L’effet d’assurance, par le biais d’activités transcriptionnelles alternées de taxons fonctionnellement redondants au sein de la communauté, qui compensent les changements transcriptionnels des membres individuels de la communauté.
Le projet impliquera à la fois l’exploitation de jeux de données de métatranscriptome déjà existants et la contribution à la génération de nouveaux jeux de données. Le/la candidat·e se concentrera principalement sur l’analyse des données de métatranscriptome, mais participera également aux travaux de laboratoire et/ou de terrain nécessaires à la création des jeux de données.
COMPETENCES REQUISES :
* Doctorat en écologie microbienne, bioinformatique ou domaine connexe, obtenu au maximum 3 ans avant la date de début de contrat.
* Expérience en analyse de données de séquençage à haut débit et compétences en script associées.
* Maîtriser l’anglais (expression orale et écrite).
* Une expérience en travaux de terrain et/ou en expérimentations en laboratoire sera considérée comme un atout.
SPECIFICITES / CONTRAINTES DU POSTE :
* Rémunération : Base INM 506 soit 2490€ brut mensuel
* Contrat de travail : 37h30 hebdomadaires
* Un projet de recherche innovant à l’interface entre l’écologie microbienne et la modélisation environnementale
* Intégration dans d’autres projets de recherche en cours et complémentaires (par ex. ANR DIAMOND)
* Un réseau collaboratif d’experts locaux et internationaux en génomique et en écologie
* Un groupe de recherche interdisciplinaire couvrant la microbiologie environnementale et médicale
* Participation aux frais de transports en commun
* Aménagement du temps de travail : https://www.uca.fr/universite/travailler-a-luca/services-aux-personnels
* Participation Mutuelle à hauteur de 15€ /mois
* Des offres loisirs, sport et culture pour tous les agents (https://class.uca.fr/)
* Possibilité d’accès, sous condition, à un emplacement parking à proximité
* Forfait mobilité durable pour l’utilisation d’un cycle sur les trajets domicile-travail
MISSIONS ET ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL :
L'Université Clermont Auvergne (UCA) se distingue par sa communauté dynamique de plus de 36 000 étudiants, 2 000 enseignants et chercheurs, ainsi que 1 500 personnels techniques et administratifs. L'UCA est une université territoriale qui jouit d'une réputation tant nationale qu'internationale entretenant de forts liens avec son environnement socio-économique et culturel, sa gamme étendue de disciplines de recherche et d'enseignement. En 2022, l'UCA a intégré le « top 17 » des universités françaises titulaires d’un label d’excellence, avec pour thème identitaire fédérateur : concevoir des modèles de vie et de production durables. Découvrez l’Université
CONTEXTE DU PROJET :
Le fonctionnement des environnements aquatiques est largement déterminé par le bactérioplancton, dont les activités façonnent les processus écosystémiques pertinents pour le cycle global des éléments, tels que le taux auquel le carbone est soit libéré dans l’atmosphère, soit incorporé dans la biomasse. Un défi majeur pour prédire la dynamique fonctionnelle et compositionnelle du bactérioplancton réside dans la compréhension de leurs réponses aux fluctuations et perturbations environnementales.
La réponse des communautés microbiennes aux perturbations est déterminée par deux propriétés clés : la résistance, c’est-à-dire la capacité d’une communauté à rester inchangée face à une perturbation, et la résilience, c’est-à-dire la vitesse à laquelle une communauté retrouve son état d’avant perturbation. Les caractéristiques des membres individuels ainsi que la diversité globale de la communauté peuvent influencer la résistance et la résilience des communautés de bactérioplancton, affectant ainsi leur dynamique dans des environnements fluctuants. Bien qu’une forte proportion de membres résistants ou résilients soit associée à une plus grande stabilité à l’échelle de la communauté, le rôle de la diversité dans la promotion de la résistance et de la résilience est souvent attribué à la redondance fonctionnelle entre espèces, un phénomène connu sous le nom d’« effet d’assurance ». Selon cet effet, les pertes fonctionnelles causées par des espèces sensibles lors de perturbations environnementales peuvent être compensées par des taxons moins sensibles et fonctionnellement redondants, ce qui permet de maintenir la fonction globale de la communauté.
Les résultats préliminaires suggèrent que l’importance relative des structures de diversité par rapport aux propriétés spécifiques des espèces pour déterminer les réponses à l’échelle de la communauté aux perturbations dépend du niveau d’eutrophisation des environnements aquatiques. Cela pourrait s’expliquer par le fait que l’expression de la résistance semble liée aux coûts métaboliques, eux-mêmes contraints par la disponibilité en nutriments.
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