Post-doctorat (h/f)- dynamique moléculaire en cellule par microscopie multi-modale

Le/la Post-doctorant(e) aura pour mission de mettre au point un nouvel outil de microscopie FCS (fluctuation de fluorescence) et SPT (suivie de molécule unique) basé sur l’utilisation d’un détecteur SPAD array, d’améliorer les méthodes d'analyse croisée des données et de réaliser les acquisitions de dynamique et interactions moléculaires. Il participera avec un étudiant en doctorat à l'application de ces outils dans le suivi de la dynamique des protéines responsable de la régulation de la transcription RNAPII dépendante dans différents modèles cellulaires. Il contribuera dans le cadre de l’ANR CamoMill, au développement d’un modèle de diffusion-interaction de l’ARNPII.


Activités

-Culture de lignées cellulaires
- Travail sur cellules vivantes ou fixées marquées en fluorescence
- Réalisation de mesure des dynamique et interactions moléculaire par microscopie FCS, SPT et FRET.
- Instrumentation : Mise en place d'un dispositif de mesure multiplexe FCS/SPT avec un détecteur multi-SPAD
- Conception et Réalisation des campagnes expérimentales
- Analyse des données et développent des méthodes associées
- Contribution au développement des méthodes de modélisation
- Présentation des résultats en réunion d'équipe et lors de congrès
- Publications


Compétences

- Autonomie en microscopie
- maitrise de l'optique
- Expertise en instrumentation
- maitrise des techniques d'analyse d'image
- Autonomie et organisation dans le travail
- Travailler en équipe
- autonomie en programmation
- connaissance en modélisation
- Connaissance de base en biologie cellulaire
- Savoir rédiger et communiquer
- Connaissance de base en biologie cellulaire .


Contexte de travail

Le groupe biophotonique Cellulaire Fonctionnelle (Resp. L.Heliot) du laboratoire de Physique des lasers, Atomes et molécules (PhLAM- Eq. DySCo) développe depuis plusieurs années des techniques originales d'imagerie moléculaire en cellule vivante par microscopie de fluorescence.
Notre groupe interdisciplinaire (biologie, instrumentation, physique, analyse d'image) développe des techniques pour analyser et quantifier les interactions et dynamiques moléculaires. Nos recherches portent sur l'étude des dynamiques d'assemblage moléculaire au sein de réseaux de régulation, de la signalisation membranaire à l’activation des gènes. Le/la post-doctorant(e) travaillera sur le projet ANR CaMoMiLL. Ce projet est porté en collaboration avec Aymeric Leray (Lab. Carnot, Dijon); Jean-Baptiste Courbot (IRIMAS, Mulhouse). Ce projet a pour objet d'étudier, en cellule vivante, la dynamique et interactions de l'ARN polymérase II (ARNP II) et de ses cofacteurs pour en comprendre et modéliser la régulation spatio-temporelle de l’activation des gènes. Nous avons développé des techniques et méthodes de quantification du mouvement de ARNP II et des facteurs à différentes échelles spatio-temporelles par microscopie de corrélation de fluorescence (FCS), par suivi de molécule unique (SPT), mesure d’interaction moléculaire (FILM-FRET). La combinaison de ces méthodes de mesures nécessite la mise au point de microscope multimode et de méthodes de fusion de données. Les mesures seront analysées puis modélisées par des approches de calcul bayésien approximatif (ABC) et des algorithmes d'intelligence artificielle (DL). Les paramètres déduits nous fourniront une quantification multi-échelle des données expérimentales. Nous étudierons la dynamique de ARNP II dans des conditions contrôlées ou perturbées (mutants génétiques, interférence ARN, drogues pharmacologiques) pour comprendre les mécanismes de régulation et à leur remaniement en conditions de stress, ainsi qu'au niveau des mécanismes de régulation de l'horloge circadienne.
La mission du(de la) post-doctorant(e) seront : 1) De développer la combinaison SPT/FCS avec un détecteur de type SPAD arrays, 2) De développer les méthodes d’analyse croisées de ses données en lien avec les travaux de modélisation des dynamiques, 3) Appliquer ces techniques au suivie de l’ARNPII, 4) publier et présenter en congrès les résultats.

Le groupe biophotonique Cellulaire Fonctionnelle (Resp. L.Heliot) du laboratoire de Physique des lasers, Atomes et molécules (PhLAM- Eq. DySCo) développe depuis plusieurs années des techniques originales d'imagerie moléculaire en cellule vivante par microscopie de fluorescence.
Notre groupe interdisciplinaire (biologie, instrumentation, physique, analyse d'image) développe des techniques pour analyser et quantifier les interactions et dynamiques moléculaires. Nos recherches portent sur l'étude des dynamiques d'assemblage moléculaire au sein de réseaux de régulation, de la signalisation membranaire à l’activation des gènes. Le/la post-doctorant(e) travaillera sur le projet ANR CaMoMiLL. Ce projet est porté en collaboration avec Aymeric Leray (Lab. Carnot, Dijon); Jean-Baptiste Courbot (IRIMAS, Mulhouse). Ce projet a pour objet d'étudier, en cellule vivante, la dynamique et interactions de l'ARN polymérase II (ARNP II) et de ses cofacteurs pour en comprendre et modéliser la régulation spatio-temporelle de l’activation des gènes. Nous avons développé des techniques et méthodes de quantification du mouvement de ARNP II et des facteurs à différentes échelles spatio-temporelles par microscopie de corrélation de fluorescence (FCS), par suivi de molécule unique (SPT), mesure d’interaction moléculaire (FILM-FRET). La combinaison de ces méthodes de mesures nécessite la mise au point de microscope multimode et de méthodes de fusion de données. Les mesures seront analysées puis modélisées par des approches de calcul bayésien approximatif (ABC) et des algorithmes d'intelligence artificielle (DL). Les paramètres déduits nous fourniront une quantification multi-échelle des données expérimentales. Nous étudierons la dynamique de ARNP II dans des conditions contrôlées ou perturbées (mutants génétiques, interférence ARN, drogues pharmacologiques) pour comprendre les mécanismes de régulation et à leur remaniement en conditions de stress, ainsi qu'au niveau des mécanismes de régulation de l'horloge circadienne.
La mission du(de la) post-doctorant(e) seront : 1) De développer la combinaison SPT/FCS avec un détecteur de type SPAD arrays, 2) De développer les méthodes d’analyse croisées de ses données en lien avec les travaux de modélisation des dynamiques, 3) Appliquer ces techniques au suivie de l’ARNPII, 4) publier et présenter en congrès les résultats.