La personne recrutée sera rattachée à la plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq), spécialisée dans l'identification et la quantification des nucléotides modifiés au sein des ARN (épitranscriptomique). La personne recrutée sera intégrée au projet international Human RNome Project (https://humanrnomeproject.org/) pour faire des analyses comparatives dans le domaine de l'épitranscriptomique. Elle devra réaliser des missions d'appui à la recherche sous la responsabilité du responsable de la plateforme. Elle sera impliquée dans toutes les étapes de traitement chimique, de quantification et qualification des échantillons, la préparation des librairies et du séquençage haut-débit utilisant le séquenceur Illumina NextSeq1000/2000 ou Nanopore PromethION 2 Solo, et l'analyse bioinformatique et interprétation des données.
L'agent recruté devra gérer et consigner ses expériences scientifiques dans un cahier de laboratoire selon la démarche Qualité (rédaction du cahier de laboratoire avec toutes les procédures, instructions, modes opératoires nécessaires aux expériences scientifiques) de type iso9001.
L'agent devra également assurer la maintenance de premier niveau des appareils utilisés et consigner les consommables et réactifs utilisés selon les procédures décrites sur la plateforme.
Activités
MISSION 1 : REALISER UN ENSEMBLE DE TECHNIQUES DE PREPARATION, D'ANALYSE ET DE CARACTERISATION D'ECHANTILLONS SUR LA PLATEFORME
- Conduire les différents processus d'analyse et de caractérisation des échantillons en adaptant les conditions d'expérimentation si nécessaire et en utilisant un ensemble de techniques de biologie moléculaire.
- Réaliser un ensemble de traitements chimiques spécifiques au domaine de l'épitranscriptomique.
- Prendre en charge la préparation des librairies de séquençage et les caractériser.
- Prendre en charge le traitement informatique et la gestion des échantillons sur un logiciel dédié : LabCollector.
- Elaborer et optimiser des protocoles techniques.
- Régler les problèmes techniques en étudiant les solutions grâce à des sites internet et des revues spécialisées dans le domaine.
- Contribuer à la valorisation des résultats sous forme de rapports, présentations, publications.
MISSION 2 : COORDONNER LES ASPECTS ADMINISTRATIFS ET LOGISTIQUES
- Participer au bon fonctionnement de la gestion des stocks de consommables et de réactifs pour la plateforme sur un logiciel dédié : LabCollector.
- Optimiser son temps de travail en fonction des priorités.
- Superviser l'élimination des déchets selon les règles d'hygiène et de sécurité.
- Veiller au respect des bonnes pratiques de laboratoire et respecter et faire respecter les règles d'hygiène et de sécurité.
MISSION 3 : PROMOUVOIR LE DEVELOPPEMENT DES ACTIVITES DE RECHERCHE ET DE SERVICE
- Participer activement à la diffusion des résultats obtenus sous forme de présentation powerpoint / ou support technique au réseau international RNome.
Compétences
CONNAISSANCES :
- Connaissances approfondies en biologie moléculaire, en chimie des ARN (et épitranscriptomique).
- Appareillages spécifiques : Technologie ILLUMINA (connaissances approfondies) / Technologie Nanopore (connaissances souhaitables).
- Environnement et réseaux professionnels (connaissance générale).
- Réglementation en qualité (de type iso9001 :v2015) et en matière d'hygiène et de sécurité.
- Maîtrise de l'anglais obligatoire (compréhension et expression écrite et orale : B1 à B2).
COMPETENCES OPERATIONNELLES :
- Mise en oeuvre de techniques de quantification et de contrôle qualité des échantillons (Nanodrop, TapeStation, Bioanalyzer, Qubit).
- Préparation de banques ARN pour le séquençage à haut-débit.
- Préparation et conduite d'expériences de façon autonome.
- Utilisation de séquenceurs de type Illumina (NextSeq1000/2000) ou Nanopore (PromethION).
- Interprétation, diffusion, et valorisation des résultats.
- Maîtrise des outils de bureautique et des logiciels spécifiques à l'activité.
COMPETENCES RELATIONNELLES :
- Dynamisme, motivation, curiosité.
- Adaptabilité, réactivité.
- Sens de l'organisation, capacité à hiérarchiser les missions.
- Sens relationnel : Capacité à interagir avec les autres membres de l'équipe et également les membres du réseau Human RNome Project (en anglais).
- Esprit critique, rigueur scientifique.
- Esprit d'initiative, autonomie.
Contexte de travail
Le service mutualisé de plateformes IBSLor (Ingénierie, Biologie, Santé en Lorraine) du pôle Biologie, Médecine, Santé est sous tutelle de l'Université de Lorraine. Elle associe l'UMR UL-CNRS 7365 IMoPA, l'UMR\_S UL-INSERM 1256 NGERE, et l'UMR\_S UL-INSERM 1116 DCAC. Elle regroupe six plateformes de haut niveau technologique : Biophysique & biologie structurale, imagerie, cytométrie, protéomique, épitranscriptomique & séquençage, et génomique fonctionnelle. Ce regroupement favorise la mutualisation en mettant en commun et à disposition des structures opérationnelles de recherche, des équipements lourds structurants, et le développement de projets transversaux en apportant un soutien technologique et/ou technique.
La plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq), fait partie des 6 plateformes technologiques de la SMP IBSLor. Elle a pour mission d'assurer le soutien technologique aux projets qui nécessitent ces technologies de pointe. La plateforme est équipée d'un ensemble de matériels pour l'analyse et le séquençage à haut-débit des ARN pour un investissement total de 800 000€ (HT).
Le service mutualisé de plateformes IBSLor (Ingénierie, Biologie, Santé en Lorraine) du pôle Biologie, Médecine, Santé est sous tutelle de l'Université de Lorraine. Elle associe l'UMR UL-CNRS 7365 IMoPA, l'UMR\_S UL-INSERM 1256 NGERE, et l'UMR\_S UL-INSERM 1116 DCAC. Elle regroupe six plateformes de haut niveau technologique : Biophysique & biologie structurale, imagerie, cytométrie, protéomique, épitranscriptomique & séquençage, et génomique fonctionnelle. Ce regroupement favorise la mutualisation en mettant en commun et à disposition des structures opérationnelles de recherche, des équipements lourds structurants, et le développement de projets transversaux en apportant un soutien technologique et/ou technique.
La plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq), fait partie des 6 plateformes technologiques de la SMP IBSLor. Elle a pour mission d'assurer le soutien technologique aux projets qui nécessitent ces technologies de pointe. La plateforme est équipée d'un ensemble de matériels pour l'analyse et le séquençage à haut-débit des ARN pour un investissement total de 800 000€ (HT).
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