Contexte du recrutement et définition de poste :
Contexte :
La diversité des espèces est au cœur de nombreux mécanismes du fonctionnement des forêts. Le sol, considéré comme la « troisième frontière biotique » après les fonds marins et les canopées des forêts équatoriales, abrite une biodiversité qui reste très méconnue, malgré des rôles pressentis essentiels. De 2020 à 2023, le Centre régional de la propriété forestière (CRPF) et le Conservatoire d’espaces naturels (CEN) Occitanie, en partenariat avec INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement et avec plusieurs autres appuis scientifiques (Université de Rouen, Université de Montpellier, ELISOL, CBN), ont mené le projet « INSYLBIOS : Mieux comprendre et INtégrer dans les pratiques SYLvicoles le rôle de la BIOdiversité des Sols dans le fonctionnement des forêts du sud du Massif Central ». L’objectif de cette étude était d’étudier les impacts de différentes pratiques sylvicoles sur la biodiversité des sols et les éventuelles conséquences en termes de fertilité et stabilité des écosystèmes. Une base de données, constituées de données de terrain relevées dans un réseau de 56 peuplements de Hêtre et de Douglas et de données d’historique de gestion, constitue un des piliers centraux de ce projet. Une première étape d’analyse statistique a été réalisée en 2023. Elle s’est focalisée sur la vérification d’hypothèses liées aux impacts des pratiques sylvicoles sur la biodiversité des sols, à l’aide de modèles statistiques paramétriques (extensions de GLMM – approche par inférence Bayésienne). D’autres hypothèses formulées par l’équipe projet, sur des aspects plus fonctionnels, n’ont pas été traitées jusqu’alors. Une suite de ce projet, « InSylBioS 2 » prévoit la poursuite de ce travail d’analyse.
Objectifs du CDD :
En 2024, nous recherchons chargé.e de recherche pour poursuivre le travail d’analyse de la base de données InSylBioS. Celle-ci comprend des données stationnelles (dont pédologiques), dendrométriques, floristiques, de faune du sol (macrofaune et nématodes, identifiés selon des critères morphologiques), de métabarcoding environnemental (faune, fonge).
La poursuite de l’analyse statistique de la base de données visera à :
1. Compléter le travail initié concernant les hypothèses des relations entre pratiques de gestion et biodiversité des sols (il s’agira de reprendre des modèles déjà développés pour les étendre à de nouveaux groupes écologiques en particulier)
2. Mettre en place une méthodologie pour tester les relations liées à deux autres types d’hypothèses : Les relations entre biodiversité des sols et croissance des arbresLes relations entre formes d’humus, biodiversité et certains processus (flux de nutriments en particulier)
Il s’agira, pour de prendre en main les analyses déjà effectuées et de développer de nouvelles analyses, d’évaluer la pertinence de leur application sur le jeu de données, de mettre en œuvre la méthodologie adaptée, de participer à l’interprétation des résultats et de les publier académiquement
3. Publier les résultats retenus.
Plusieurs approches de modélisation sont envisagées : Structural Equation Models (SEM), Joint Species distribution models (JSDM), modèles linéaires généralisés mixtes (GLMM). L’ensemble de ces étapes devront être discutées, au cours de points réguliers, avec l’équipe projet.
Les analyses seront menées sous R (package envisagés : GAMM, glmmTMB, lmer, hmsc, piecewiseSEM… extensions Bayésiennes : packages de type greta, nimble rjags, rstan, runMCMCbtadjust…). On privilégiera une approche écrivant explicitement le contenu des modèles – pour pouvoir mieux les comprendre et les adapter à nos besoins.
La personne recrutée sera supervisée par Frédéric Gosselin, Marion Gosselin, INRAE et Céline Emberger, CEN Occitanie.
Modalités pratiques :
4. La personne recrutée sera embauchée par le CEN Occitanie, mais basée au centre INRAE Val de Loire, à Nogent-sur-Vernisson (45). Elle sera intégrée à l’axe Biodiversité, au sein de l’unité de recherche Ecosystèmes forestiers (EFNO).
5. Accès à la plateforme de calcul régionale Cascimodot.
6. Rémunération basée sur le groupe G de la Convention collective ECLAT, 380 points minimum (2 613,37 € bruts mensuel) avec prise en compte expérience et ancienneté selon profil du candidat Contrat de 35h ou 39h avec RTT au choix.
7. CDD d’un an. Date de démarrage du contrat entre février et avril 2025, à déterminer avec le candidat.
Profil recherché :
Profil et compétences recherchées :
8. Doctorat en écologie fonctionnelle et/ou écologie des communautés avec une forte compétence en statistique paramétrique et un bon niveau de publication académique. Des profils plus statistiques (par exemple biostatistique) peuvent aussi candidater s’ils ont déjà publié en écologie ;
9. Une expérience en lien avec le milieu forestier serait un plus ;
10. Pratique développée en statistiques paramétriques indispensable ;
11. Maitrise du logiciel R ;
12. Capacité d’écoute et de travail en équipe ;
13. Anglais (scientifique) : parlé (si non francophone), lu et écrit - français : compréhension écrite fortement appréciée ;
14. Autonomie, sens de l’organisation et rigueur.
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