Ingénieur-e en bio-informatique pour l’analyse de données génomiques chez les abeilles

Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE) Référence INRAE-OT-28111 Date de début de diffusion 13/01/2026 Date de parution 25/01/2026 Date de fin de diffusion 15/02/2026 Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Experte / Expert en biologie - SVT Statut du poste Vacant Intitulé du poste Ingénieur-e en bio-informatique pour l’analyse de données génomiques chez les abeilles Descriptif de l'employeur L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Description du poste Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE de l’INRAE de Toulouse, dans l’équipe BeeGees, travaillant sur la diversité génétique et la génomique de l’abeille à miel (http://genphyse.inrae.fr/poles). Vos travaux porteront sur l’analyse de données de séquençage, dans le cadre du projet FecDist, sur l’étude de la fécondation des abeilles en milieu naturel, en vue de maîtriser la voie mâle dans les schémas de sélection.Description du projetLa reproduction chez l’abeille à miel Apis mellifera présente des caractéristiques uniques parmi les espèces d’élevage. La reine, unique femelle fertile dans une colonie, réalise un ou plusieurs vols nuptiaux quelques jours après sa naissance et s’accouple en plein vol avec plusieurs mâles — les faux-bourdons — dont elle stocke le sperme dans sa spermathèque. Afin de favoriser la génétique qui les intéresse, les sélectionneurs saturent l’environnement en disposant des ruches à mâles, produisant des faux-bourdons de la génétique d’intérêt en grand nombre. Néanmoins, comme de nombreux apiculteurs utilisent simultanément la même stratégie avec des fonds génétiques et intérêts de sélection différents, on peut s’interroger sur l’efficacité de cette pratique. Afin de tester l’efficacité du contrôle de la fécondation des reines, nous avons disposé des ruches à mâles à des distances variées autour d’un rucher de fécondation. La détection d’allèles spécifiques aux différents mâles sera réalisée par séquençage de génomes complets avec des « lectures courtes » et ce à la fois par le séquençage d’ouvrières filles des reines fécondées et de mâles provenant des ruches à mâles. Deux approches sont envisagées : (i) la recherche d’allèles diagnostiques au marqueurs SNPs et (ii) l’analyse des allèles du gène de détermination du sexe chez les abeilles à miel complementary sex determiner (csd), pour lequel plus de 100 allèles codants différents sont connus.Vous serez plus particulièrement en charge de l’analyse des données de séquençage massif. Des données disponibles au laboratoire pour plus de 1000 génomes de faux-bourdons haploïdes, seront utilisées afin d’affiner notre connaissance du locus hypervariable csd. L’analyse des données de séquençage en mélanges du projet FecDist permettra l’identification d’allèles SNP spécifiques à chaque origine de mâle et leur détection dans les séquences d’ouvrières filles des reines fécondées. Descriptif du profil recherché Formation recommandée : Analyse de génomes, bio-informatique, génétiqueConnaissances souhaitées : bash, R, PythonExpérience appréciée : Expérience des traitements de données de séquençage haut-débit et sur l’utilisation de cluster de calcul linux. Une expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent) et un intérêt pour les abeilles / l’apiculture seraient un plus.Aptitudes recherchées : le travail d'équipe et la collaboration Localisation du poste Europe, France, Occitanie Géolocalisation du poste 31326 Castanet-Tolosan Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 31326 Castanet-Tolosan Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 7 Master/diplômes équivalents Date de vacance de l'emploi 01/04/2026