Bio informaticien junior h/f

Identifiant (email, de type exemple@exemple.fr)

Mots clés (ex : ingénieur commercial Paris)

Le groupe de Bio Informatique Clinique Exploratoire au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) de médecine de précision PRISM à Gustave Roussy souhaite recruter un(e) Bio Informaticien(ne), possédant une expérience des workflows d’analyse de données dans un environnement de recherche. L’IHU PRISM est un programme multidisciplinaire et transversal qui vise à mieux comprendre la biologie de chaque cancer afin de réduire la mortalité. Dans ce rôle clé, au sein d’une équipe dynamique, vous mettrez en œuvre vos compétences en bio-informatique, programmation et data science afin de produire des résultats à partir de vastes jeux de données multiomiques issus des programmes cliniques de l’Institut.

Vous effectuerez les missions suivantes :

1. Traiter les données d’échantillons générées par les programmes cliniques de l’Institut.
2. Fournir des résultats et apporter une expertise en contrôle qualité (QC) et interprétation des résultats aux équipes cliniques.
3. Gérer un ensemble de pipelines de traitement de données multiomiques validés.
4. Développer des stratégies d’automatisation pour un traitement efficace des échantillons au sein de la plateforme d’analyse.
5. Contribuer au développement et à l’exécution d’un système de suivi du traitement et de l’analyse des données.
6. Concevoir et mettre en œuvre des méthodes innovantes pour la restitution des résultats, afin d’aider les équipes cliniques dans leurs recherches.
7. Assurer la qualité des résultats sur l’ensemble de la plateforme.
8. Appliquer les dernières technologies et méthodologies pour garantir la pleine reproductibilité du traitement des données au sein de la plateforme d’analyse.
9. Valider et mettre en place de nouvelles étapes d’analyse et de traitement des données en collaboration avec l’équipe de développement de pipelines de la core facility bio-informatique et les groupes de recherche bio-informatique.
10. Collaborer étroitement avec l’équipe de gestion des données pour développer des stratégies de stockage et d’archivage des résultats.
11. Contribuer à la mise en place d’une infrastructure de gestion des métadonnées.
12. Assurer sa formation continue en restant informé(e) des évolutions dans les communautés bio-informatique et de recherche.
13. Participer aux réunions, ateliers et séminaires de Gustave Roussy.
14. Contribuer à des publications scientifiques si nécessaire.

Le(La) candidat(e) devra incarner les valeurs suivantes : ouverture, dynamisme et esprit collégial, et présenter le profil suivant :

Qualifications, expériences et compétences essentielles :

1. Diplôme dans une discipline pertinente avec une forte composante analytique (bio-informatique, statistiques, biologie moléculaire, mathématiques, ou équivalent).
2. Excellentes compétences en programmation dans un langage adapté (p. ex. Python, Java, R).
3. Excellentes compétences sur Linux et HPC.
4. Expérience dans l’exécution et le développement de pipelines bio-informatiques avec un système de gestion de workflows (p. ex. Nextflow, Snakemake).
5. Bonne compréhension des logiciels de traitement de données de séquençage haut-débit et des outils de traitement bio-informatique.
6. Compréhension des données multi-omiques et des approches d’analyse associées.
7. Compréhension des logiciels de reporting (p. ex. quarto, markdown).
8. Connaissance des technologies assurant la reproductibilité du traitement des données (conteneurs, environnements, logiciels de gestion des changements).
9. Compréhension des processus et de la gestion du développement logiciel.
10. Capacité à organiser et prioriser la charge de travail.
11. Excellentes compétences en communication scientifique dans un environnement de recherche.

Qualifications, expériences et compétences souhaitées :

1. Connaissance de la biologie du cancer.
2. Connaissance de l’application de techniques statistiques aux données biologiques.
3. Connaissance des protocoles de génération de données omiques.
4. Familiarité avec la visualisation des résultats d’analyse omiques.
5. Connaissance des bases de données relationnelles.


Notre offre

CDI de chantier de 5 ans - Statut Cadre au forfait


Localisation du poste


Lieu

Villejuif


Informations générales


Entité de rattachement

L'espoir de guérir le cancer a un nom, Gustave Roussy.

Premier centre européen de lutte contre le cancer et classé au troisième rang mondial des hôpitaux en cancérologie, Gustave Roussy est un institut de soins, de recherche et d'enseignement, qui prend en charge des patients atteints de tout type de cancer, à tout âge de la vie. Son expertise des cancers rares et des tumeurs complexes est internationalement reconnue.

Gustave Roussy est un établissement de santé privé d'intérêt collectif (ESPIC) participant au service public hospitalier, qui réunit excellences médicale, scientifique et technologique au service du traitement des patients. Ses 3200 professionnels et experts regroupés sur les sites de Villejuif et de Chevilly-Larue se mobilisent pour porter l'ambition de guérir le cancer au 21e siècle.

Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l'insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales.

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