Stage diversité génétique et microbiotes de l’hélix de corse: appu...

Contexte du recrutement et définition de poste :

L’Unité de Recherche « Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés »

UMR CNRS 7058 EDYSAN-UPJV), 33 rue Saint Leu, 80039 Amiens

En partenariat avec la DREAL Corse, le Conservatoire du Littoral, le CPIE d’Ajaccio et un stage pour : Master 2 Recherche 2026

Titre. Diversité génétique et microbiotes de l’Hélix de Corse : appui scientifique au PNA 2024‑2034

Contexte

L’Hélix de Corse (Helix ceratina) est un mollusque terrestre micro‑endémique, aujourd’hui limité à une unique population cantonnée à une très étroite bande littorale Ricantu, en Corse-du-Sud (Ajaccio). Redécouverte à la fin des années 1990 (Bouchet et al. 1997), cette espèce est classée en danger critique d’extinction depuis 2000. Un premier Plan National d’Actions a permis d’acquérir des connaissances sur sa biologie, sa dynamique et son habitat, ainsi que de lancer les premiers élevages in situ (Cucherat 2019 ; Natali et al. 2020 ; Cucherat et Natali 2024;). Sur cette base, un second PNA (2024-2034) a été élaboré avec l’ensemble des partenaires scientifiques et institutionnels (CPIE d’Ajaccio, EDYSAN (UPJV), DREAL Corse, Conservatoire du Littoral).

Les travaux récents ont mis en évidence plusieurs enjeux majeurs pour la conservation de l’espèce : (i) une aire de répartition extrêmement réduite, fragmentée par des aménagements anthropiques successifs ; (ii) une dynamique démographique fragile ; (iii) une structure génétique en trois entités distinctes (métapopulation), héritée d’un passé démographique complexe (Camus et al. 2023) ; (iv) des menaces biotiques avérées, notamment la fourmi invasive Tapinoma magnum ; (v) un environnement microbien et parasitaire encore insuffiisamment caractérisé ; (vi) la nécessité d’appuyer scientifiquement les élevages, les translocations et la restauration de l’habitat.

Objectifs du stage

Le stage s’inscrit dans les actions du PNA visant à mieux connaître l’espèce pour sécuriser sa conservation. Il porte sur deux dimensions essentielles :

1. La génétique, qui permet d’évaluer la cohérence et la connectivité des sous‑populations, d’anticiper les risques de consanguinité et d’outbressing depression, et d’orienter les élevages in situ ainsi que les futures translocations.
2. Les microbiotes intestinaux et du mucus, indicateurs clés de l’état sanitaire de la population, des interactions biotiques et de la qualité des conditions environnementales ou d’élevage (Cardoso et al 2012 ; Chalifour et al. 2021).

Déroulement du stage

Diversité génétique : structure, connectivité et conservation

Le/la stagiaire réalisera l’analyse génétique de la métapopulation à partir de nouveaux échantillons (mucus) collectés dans le cadre du PNA : extraction d’ADN et PCR microsatellite (SSR) ; génotypage ; analyses de diversité et de structure génétique ; comparaison avec les résultats publiés (Camus et al. 2023) ; interprétation en lien avec les enjeux de gestion (cohérence des sous‑populations, risques de consanguinité, implications pour les élevages et translocations ; David et al, 2007 ; Stoffel et al 2021).

Une analyse génomique complémentaire sera conduite en prestation spécialisée afin d’affiner la compréhension de la diversité génomique. Le/la stagiaire participera à l’interprétation de ces données.

Microbiotes intestinaux et du mucus : un indicateur de santé et de résilience

À partir de données issues d’une prestation de métagénomique 16S, le/la stagiaire contribuera à : comparer les microbiotes de H. ceratina et des espèces co‑occurrentes ; explorer les différences entre sous‑populations ; interpréter les profils microbiens en lien avec l’état sanitaire, les pressions biotiques, la fragmentation et les conditions d’élevage ; discuter le rôle potentiel des microbiotes dans la résilience de l’espèce et la réussite des élevages in situ.

Une session de terrain est prévue en avril 2026, en collaboration avec les acteurs du PNA, pour participer aux suivis écologiques et aux prélèvements.

Références :

Bouchet, P., Ripken, T., & Recorbet, B. (1997). Rediscovery of the Corsican land snail Helix ceratina on the verge of extinction. La Terre et la Vie, 52, 97–111.

Cardoso, A. M., Cavalcante, J. J. V., Vieira, R. P., et al. (2012). Gut bacterial communities in the giant land snail Achatina fulica and their modification by the parasite Angiostrongylus cantonensis. PLoS ONE, 7(11), e48505.

Cucherat, X. (2019). Mission d’assistance pour le monitoring de l’Hélix de Corse (Helix ceratina). Rapport d’étude. / CEL Corse.

Cucherat, X., & Natali, C. (2024). Recherche et estimation de l’abondance de l’Hélix de Corse dans l’emprise aéroportuaire d’Ajaccio – Napoléon Bonaparte. Rapport d’étude (11 p. + 2 annexes).

Natali, C., Monjaret, O., & Cucherat, X. (2020). Bilan et évaluation du Plan National d’Actions en faveur de l’Hélix de Corse (Helix ceratina). Rapport d’étude. CPIE Ajaccio / / DREAL de Corse.

Stoffel, M. A., Johnston, S. E., Pilkington, J. G., & Pemberton, J. M. (2021). Genetic architecture and lifetime dynamics of inbreeding depression in a wild mammal. Nature Communications, 12

Durée et date de stage

6 mois (mi-mars / mi-sept. 2026)

Financement du stagiaire

Dotation DREAL / UPJV : Indemnisation selon les dispositions légales en vigueur

Co-Encadrants :

Annie Guiller (PR), Axe Sylvosystème, UMR 7058 EDYSAN CNRS UPJV :

Xavier Cucherat, sarl :

Contact :

Les candidats doivent envoyer un CV et une lettre de motivation à :

Profil recherché :

Compétences / intérêt

3. Intérêt pour la conservation des espèces menacées.
4. Connaissances en écologie évolutive, génétique des populations ou microbiologie environnementale.
5. Motivation pour la biologie moléculaire (extraction ADN, PCR).
6. Capacité d’analyse, esprit de synthèse, autonomie.
7. Maîtrise de R recommandée.