Postes postdoctoraux: IA hybride pour le jumelage numérique d'organoïdes
Mots-clés : Biologie Computationnelle, Modélisation IA hybride, Organoïdes, Jumeaux numériques
L'équipe de Biomédecine des Systèmes dirigée par Anaïs Baudot dans l'Unité de Génétique Médicale de Marseille (MMG, Inserm - Aix*Marseille Université) recrute deux post-doctorants. Notre équipe interdis-ciplinaire développe des approches numériques avec une expertise dans l'intégration de données multi-modales et multi-omiques, les graphes de réseaux et de connaissances, et l'application aux maladies gé-nétiques rares (https://www.marseille-medical-genetics.org/en/a-baudot/).
Ces postes visent à contribuer à un projet ambitieux axé sur le développement de jumeaux numériques d'organoïdes. Les organoïdes sont des modèles 3D in vitro d'organes et de tissus qui capturent les proprié-tés clés de leurs homologues physiologiques. Les jumeaux numériques nous permettront de simuler et de prédire le comportement des organoïdes, en combinant les données expérimentales avec la modélisation informatique pour créer de nouveaux outils puissants pour la recherche biomédicale.
Le poste de post-doctorant 1 se concentrera sur le développement de ressources (curation, nor-malisation, formalisation des protocoles de culture d'organoïdes) et de stratégies pour tirer parti de ces ressources dans l'analyse des données (par exemple, réseaux neuronaux à base de connaissances).
Le poste de post-doctorant 2 se concentrera sur le développement de stratégies de modélisation multi-échelle combinant l'IA générative et la modélisation mécaniste (par exemple, la modélisation booléenne des réseaux de régulation génétique, l'inférence des réseaux de communication cellule-cellule) pour obtenir une représentation virtuelle 3D d'un organoïde.
Qualifications
- Doctorat en bioinformatique, biologie informatique, sciences informatiques, IA/apprentissage automa-tique, mathématiques appliquées, biophysique ou dans des domaines connexes.
- Expérience de l'analyse de données biologiques ou cliniques, de l'élaboration de flux de travail et de progiciels bioinformatiques.
- Maîtrise des langages de programmation couramment utilisés en bioinformatique (Python, Bash, ...) et de l'environnement Linux.
- Solides compétences en matière de communication (orale) et de rédaction de rapports (écrite)
- Flexibilité et adaptabilité pour travailler dans un environnement multidisciplinaire sur plusieurs axes de recherche et en collaboration.
- Maîtrise de l'anglais
Ce que nous offrons
Poste entièrement financé pour 18 mois (renouvelable) à Marseille, France. Le salaire sera basé sur l'expérience.
Date d'entrée en fonction : automne 2025. L'unité MMG se trouve sur le campus de la faculté de médecine de La Timone et est un leader dans le domaine des maladies génétiques rares.
Veillez à ce que votre candidature comprenne une lettre de motivation, un CV détaillé et les coordonnées d'au moins deux personnes de référence. L'examen des candidatures commence immédiatement et se poursuivra jusqu'à ce que le poste soit pourvu.
Prime 306 euros mensuel brut à partir de 1an d'ancienneté.
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