Ingénieur d’étude en bioinformatique (h/f)

Informations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR5290-REMFRO-006 Date de début de diffusion 13/04/2026 Date de parution 14/04/2026 Date de fin de diffusion 04/05/2026 Intitulé long de l'offre Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F) Date limite de candidature 04/05/2026 Nature du contrat CDD d'1 an Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques Statut du poste Vacant Intitulé du poste Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F) Descriptif de l'employeur Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique. Description du poste Missions : La mission consistera à analyser des données métagénomiques (shotgun) à l'aide de divers outils bioinformatiques. À l'aide de notre cluster de calcul, la personne recrutée réalisera des analyses bioinformatiques afin d'identifier, de caractériser et de quantifier : (i) les communautés microbiennes, et (ii) les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs). À partir de ces analyses, la personne recrutée devra détecter et semi-quantifier les bactéries pathogènes et les ARG et devra relier ces résultats à des facteurs environnementaux et les analyser statistiquement. Activités : identifier, caractériser et quantifier : - les communautés microbiennes, - les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs). Contexte de travail : Le concept « One Health » part du principe que les écosystèmes sont interconnectés et que l'apparition d'une pollution à un endroit peut avoir des répercussions sur la santé des organismes présents ailleurs. La santé est donc une préoccupation mondiale, et les activités humaines (hospitalières, industrielles, agricoles) doivent veiller à réduire la présence d'agents pathogènes humains et animaux avant qu'ils ne se propagent dans l'environnement. En effet, les communautés microbiennes colonisant les résidus issus des activités agricoles peuvent servir de réservoirs à des bactéries fécales porteuses de gènes de résistance aux antibiotiques (ARG). Le compostage constitue un procédé efficace pour dégrader ces résidus. Notre projet vise à comparer les communautés bactériennes et la fréquence des ARG dans deux types de traitements (avec et sans compostage). Nous avons donc extrait l'ADN des fumiers et séquencé avec une méthode de métagénomique « shotgun », pour les différentes conditions. la personne recrutée travaillera avec des scientifiques (bioinformaticiens et expérimentateurs) de l'UMR MIVEGEC (Juliette Hayer, Jacques Dainat et Rémy Froissart). Notre équipe dispose déjà d'une solide expérience en bio-informatique et les infrastructures sont déjà en place. Conditions particulières d'exercice Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche. Descriptif du profil recherché Competences : • métagénomique non ciblée appliquée à des échantillons environnementaux/complexes, • bonnes compétences en bash, python, R, Nextflow est un plus. • bonnes connaissances en bio-informatique et en biostatistique • aptitudes à la communication : lecture d'articles en anglais, présentations orales, bons cahiers de laboratoire • capacité à travailler en équipe • curiosité, esprit d'initiative Contraintes et risques : aucune Temps plein Oui Rémunération contractuels (en € brut/an) à partir de 2521€ brut mensuel, ajustable en fonction de l'expérience professionnelle sur des poste Localisation du poste Europe, France, Occitanie, Hérault (34) Géolocalisation du poste MONTPELLIER Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 34394 MONTPELLIER (France) Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 6 Licence/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français (Seuil)