L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Contexte de travail
La culture des bananiers pour la production de fruits destinés à l’export a pour particularité d’être basée sur une monoculture de clones de la variété triploïde Cavendish. Cette culture nécessite un usage intensif de traitements chimiques dont la majeure partie est constituée de fongicides visant à contrôler la maladie des raies noires (MRN). La MRN est causée par Pseudocercospora fijiensis(Pf), un agent pathogène fongique avec une forte capacité adaptative. Des techniques alternatives pour lutter contre cette maladie se sont répandues notamment aux Antilles, mais elles ont un impact conséquent sur les coûts de production ; l’obtention de variétés de bananiers résistantes à la MRN est donc cruciale pour le maintien de la production. Pour optimiser les programmes de création variétale, des informations sur le support génétique de la résistance à la MRN sont nécessaires. Une autre maladie fongique, la fusariose TR4, actuellement en processus de diffusion, menace les zones de production. Le poste proposé s’inscrit dans le cadre du projet BANA+ (Programme PARSADA, France Agrimer) qui vise à accélérer le développement de variétés de bananiers résistants aux maladies fongiques pour une alternative à l’usage des fongicides aux Antilles et dans les autres DROM. Ce projet porté par le CIRAD est mené en partenariat avec l’INRAE et des partenaires privés. Un de ses objectifs est de produire des connaissances sur les bases génétiques de la résistance aux maladies fongiques chez les bananiers en combinant des approches de génétique et de génomique structurale et fonctionnelle, et en développant du phénotypage à haut débit par analyse d’image.
Vous serez chargé.e de conduire des travaux de recherche en génétique et génomique visant à (1) identifier les bases génétiques de la résistance aux maladies fongiques, en particulier la cercosporiose noire et (2) analyser les structures des gènes et des familles de gènes de bananier codant pour des récepteurs impliqués dans la détection des pathogènes et comprendre leurs modes d’évolution et de diversification.
Activités techniques
* Exploiter les ressources génomiques de bananiers disponibles et à venir (assemblages de génomes de haute qualité, données RNA-Seq) pour caractériser la structure, la diversité et les modes d’évolution des gènes de bananiers codant pour des récepteurs à domaine LRR/à domaine extracellulaire, en réalisant notamment une annotation expertisée de ces gènes.
* Conduire des études de génétique (GWAS/QTL) pour identifier des QTLs de résistance à la cercosporiose noire au champ et potentiellement en conditions contrôlées, en s’appuyant sur du phénotypage haut débit par analyse d’image et du génotypage par séquençage. Ces travaux impliqueront des missions de terrain de plusieurs semaines sur la station CIRAD de Neufchâteau en Guadeloupe.
* Contribuer aux études sur la résistance à la fusariose TR4
* Rédiger des articles scientifiques à l’issue de ces études
Contribuer aux comptes rendus du projet, ainsi qu’aux actions de communication et de transfert de connaissances.
Environnement de travail
Les travaux seront principalement réalisés au sein de l’unité de recherche AGAP Institut qui mène des recherches sur l’amélioration génétique et l’adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales. Vous serez rattaché aux équipes GE2pop (Génomique évolutive et gestion des populations) et SEG (Structure et évolution des génomes) à Montpellier et vous travaillerez également avec l’équipe GABA (Génétique et amélioration des bananiers, Guadeloupe) ainsi qu’avec le Plant Health Institute de Montpellier (UMR PHIM). Vous bénéficierez de l'appui et de l'expérience de généticiens, génomiciens, phytopathologistes, bioinformaticiens et agronomes au sein des UMR AGAP et PHIM ; des dispositifs de la plateforme de création variétale des bananiers, des plateaux de bioinformatique et de génomique ainsi que de l’implémentation de phénotypage par analyse d’image
Les travaux seront principalement réalisés au sein de l’unité de recherche AGAP Institut qui mène des recherches sur l’amélioration génétique et l’adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales. Vous serez rattaché aux équipes GE2pop (Génomique évolutive et gestion des populations) et SEG (Structure et évolution des génomes) à Montpellier et vous travaillerez également avec l’équipe GABA (Génétique et amélioration des bananiers, Guadeloupe) ainsi qu’avec le Plant Health Institute de Montpellier (UMR PHIM). Vous bénéficierez de l'appui et de l'expérience de généticiens, génomiciens, phytopathologistes, bioinformaticiens et agronomes au sein des UMR AGAP et PHIM : des dispositifs de la plateforme de création variétale des bananiers, des plateaux de bioinformatique et de génomique ainsi que de l’implémentation de phénotypage par analyse d’image.
* Missions de terrain de plusieurs semaines en Guadeloupe
Formations et compétences recherchées
Conditions du poste
Diplômes et formation requis
* Titulaire d'un doctorat en génétique et génomique en lien avec les interactions plante-pathogèneet/ou l’amélioration des plantes
* Formation en génétique y compris analyses GWAS/QTL et les modèles statistiques associés
Formation en génomique : connaissance des annotations structurales des gènes, expérience des manipulations de fichiers (génomes entiers, gros jeux de données de séquences) ainsi que des outils de comparaisons de séquences (BLAST, alignement …), travail sur cluster de calcul.
Connaissances complémentaires
Connaissances en analyse d’image
Compétences comportementales
Capacités organisationnelles
Capacités relationnelles et d’adaptation à différents contextes
Intérêt pour le travail en équipe
Créativité et esprit d'initiative
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr
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