Nous recherchons un jeune chercheur (H/F) en géomicrobiologie (poste de niveau doctorat) à Marseille, en France, pour travailler sur le projet financé par la European Research Council Starting Grant « SIESTA : The Role of Microbial Dormancy as an Ecological and Biogeochemical Regulator on Earth ». Ce poste est supervisé par le Dr James Bradley (https://www.jbradleylab.com/). La personne recrutée travaillera avec ce chef de projet et participera aux expériences de laboratoire, à l'analyse des données, aux travaux de terrain et au sein d'une équipe comprenant des doctorants et du personnel technique. Les principaux objectifs de ce poste sont (1) de quantifier la prévalence de la dormance au sein de communautés microbiennes taxonomiquement et fonctionnellement diverses dans les environnements cryosphériques, et (2) d'identifier les déclencheurs et les échelles temporelles de la dormance dans ces communautés microbiennes. Ces données contribueront à des objectifs plus larges du projet, à savoir (3) établir un lien entre la dormance et l'émergence, la survie et l'évolution des populations microbiennes, et (4) comprendre le rôle de la dormance dans la régulation des cycles biogéochimiques.
Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un doctorat dans une discipline pertinente des sciences naturelles (par exemple, écologie microbienne, microbiologie environnementale). Le CDD est proposé pour une durée de 2 ans, renouvelable annuellement, sous réserve d'évaluations de performance satisfaisantes. La date de début prévue est prévue vers février 2026, et peut être ajustée en fonction des disponibilités du candidat et des exigences du projet.
Activités
Le jeune chercheur (H/F) contribuera à différents aspects de recherche du projet :
• Étude/analyse des environnements cryosphériques (cryoconite, glace, sédiments, sol) et des microbiomes (expérimentaux et observationnels).
• Échantillonnage haute résolution de populations microbiennes naturelles (y compris travaux de terrain dans des régions arctiques reculées).
• Mesures de l'activité microbienne cellulaire spécifique à l'aide de marqueurs fluorescents, de cytométrie de flux et de tri cellulaire.
• Génération et analyses (bioinformatiques et statistiques) de données environnementales et microbiologiques, incluant des banques de séquençage d'amplicons, des métagénomes et des métatranscriptomes.
• Publication (en tant qu’auteur principal et co-auteur) dans des revues universitaires, participation à des conférences scientifiques et activités de vulgarisation.
• Collecte et catalogage des données en vue de leur dépôt et de leur archivage dans des référentiels de données.
Compétences
• Connaissances approfondies en écologie microbienne, dynamique des communautés/populations, biogéochimie, adaptation microbienne aux environnements extrêmes et écophysiologie microbienne.
• Compétences et expérience avérées dans divers domaines de la microbiologie (biologie moléculaire, microbiologie environnementale, omique/séquençage, physiologie/incubation/mesures d'activité et expériences).
• Compétences techniques et expérience en incubation microbienne, mesures d'activité/écophysiologie à l'échelle de la communauté et/ou de la cellule unique, métagénomique et/ou métatranscriptomique. De plus, la mesure de l'activité cellulaire spécifique, notamment par marqueurs fluorescents, cytométrie de flux et tri cellulaire (par exemple, BONCAT-FACS), est un atout.
• Compétences quantitatives en analyse de grands ensembles de données, par exemple pour intégrer des données biologiques/génomiques à des mesures biogéochimiques, ainsi que des modélisations/analyses biogéographiques, phylogénomiques, comparatives et de séries chronologiques (communauté ou population). • Compétences démontrées en analyses bioinformatiques et statistiques du microbiome et des données écologiques, y compris les données de séquençage.
• Compétences analytiques : écriture et exécution de code en R, Python, GitHub, etc., calcul haute performance.
• Excellentes compétences en communication orale et écrite en anglais.
• Capacité à travailler de manière autonome et flexible.
• Capacité à travailler en équipe.
• Antécédents de productivité en recherche.
• Connaissance des normes scientifiques ouvertes pour la recherche sur le microbiome (analyses reproductibles, préservation des métadonnées et dépôt de données publiques).
Contexte de travail
Le candidat retenu (H/F) travaillera à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), à Marseille Luminy. Le MIO est un laboratoire de recherche en océanographie des universités d'Aix-Marseille, de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Il est intégré à l'OSU Pythéas. Ses objectifs sont de mieux comprendre le système océanique et son évolution face aux changements globaux. Il constitue un pôle d'expertise en biologie, écologie, biodiversité, microbiologie, halieutique, physique, chimie, biogéochimie et sédimentologie marine. Ses cadres de recherche sont l'océan mondial, ses interfaces avec le continent, l'atmosphère et les sédiments. Le MIO compte plus de 250 personnes, dont une centaine de chercheurs (CNRS, IRD) et d'enseignants-chercheurs universitaires, une soixantaine d'ingénieurs et techniciens, plus de 50 doctorants et une équipe administrative au service de la recherche. Le candidat (H/F) rejoindra l'équipe du MEB et travaillera au sein du projet ERC SIESTA dirigé par James Bradley. Le candidat retenu (H/F) bénéficiera d'un groupe de recherche dynamique, d'un accès aux excellentes installations et plateformes de recherche de l'Institut Méditerranéen d'Océanographie et d'Aix-Marseille Université, et sera intégré à une équipe engagée en faveur d'une intégrité scientifique élevée, d'une science ouverte et reproductible, et de la promotion de l'inclusion. Marseille est une ville abordable, dynamique et historique située sur la côte méditerranéenne, offrant une excellence culinaire, des expériences culturelles diversifiées et une importante communauté internationale. L'Institut Méditerranéen d'Océanographie, situé sur le campus de Luminy d'Aix-Marseille Université, est entouré de nature et niché au cœur du spectaculaire parc national des Calanques.
Le candidat retenu (H/F) travaillera à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), à Marseille Luminy. Le MIO est un laboratoire de recherche en océanographie des universités d'Aix-Marseille, de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Il est intégré à l'OSU Pythéas. Ses objectifs sont de mieux comprendre le système océanique et son évolution face aux changements globaux. Il constitue un pôle d'expertise en biologie, écologie, biodiversité, microbiologie, halieutique, physique, chimie, biogéochimie et sédimentologie marine. Ses cadres de recherche sont l'océan mondial, ses interfaces avec le continent, l'atmosphère et les sédiments. Le MIO compte plus de 250 personnes, dont une centaine de chercheurs (CNRS, IRD) et d'enseignants-chercheurs universitaires, une soixantaine d'ingénieurs et techniciens, plus de 50 doctorants et une équipe administrative au service de la recherche. Le candidat (H/F) rejoindra l'équipe du MEB et travaillera au sein du projet ERC SIESTA dirigé par James Bradley. Le candidat retenu (H/F) bénéficiera d'un groupe de recherche dynamique, d'un accès aux excellentes installations et plateformes de recherche de l'Institut Méditerranéen d'Océanographie et d'Aix-Marseille Université, et sera intégré à une équipe engagée en faveur d'une intégrité scientifique élevée, d'une science ouverte et reproductible, et de la promotion de l'inclusion. Marseille est une ville abordable, dynamique et historique située sur la côte méditerranéenne, offrant une excellence culinaire, des expériences culturelles diversifiées et une importante communauté internationale. L'Institut Méditerranéen d'Océanographie, situé sur le campus de Luminy d'Aix-Marseille Université, est entouré de nature et niché au cœur du spectaculaire parc national des Calanques.
Contraintes et risques
Voyages et travaux de terrain dans des environnements éloignés (glaciaires, arctiques) pour la collecte d'échantillons sur le terrain et participation à des réunions scientifiques pour la diffusion des résultats.
Voyages et travaux de terrain dans des environnements éloignés (glaciaires, arctiques) pour la collecte d'échantillons sur le terrain et participation à des réunions scientifiques pour la diffusion des résultats.
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