Ingénieur-e en bio-informatique

Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE) Référence INRAE-OT-27896 Date de début de diffusion 26/11/2025 Date de parution 06/12/2025 Date de fin de diffusion 15/01/2026 Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Experte / Expert en expérimentation et production végétale Statut du poste Vacant Intitulé du poste Ingénieur-e en bio-informatique Descriptif de l'employeur L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Description du poste Dans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l’IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l’INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d’analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l’équipe de virologie et de génomique de la vigne de l’IFV/INRAE.Missions- Maintenance et évolution d’un pipeline Nextflow existant pour l’assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seq- Développement d’analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).- Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement Linux- Lancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURM- Mise en place et application d’un plan de gestion de données- Validation de la qualité des données et de l’intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de données Descriptif du profil recherché - Bac 5 (ou expérience équivalente) en bio-informatique- Expérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit. Une expérience en assemblage de génome viraux est un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeurs SRA, ENA souhaitée- Expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).- Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestions des jobs et ressources, logs, …) avec une expérience sur l’utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker).- Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning)- Maitrise d’au moins un langage de programmation de haut niveau Python ou R (Python est un plus).- Connaissances de base de l’anglais scientifique pour une recherche bibliographique et documentation officielle efficiente Localisation du poste Europe, France, Grand Est Géolocalisation du poste 68000 Colmar Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 6 Licence/diplômes équivalents Date de vacance de l'emploi 26/11/2025