Ingénieur / ingénieure de recherche scientifique (h/f)

Mission :
Afin de déterminer comment les mutations aléatoires contribuent à l'évolution de la régulation d'expression des gènes, l'équipe a entrepris la mise au point d'une approche de transcriptomique à haut débit (microcolony RNA-seq) permettant de quantifier les niveaux d'ARNm de milliers de génotypes de levure (S. cerevisiae) dans différents environnements. Vous aurez pour mission de:
1. Réaliser une expérience pilote de microcolony RNA-seq à une échelle intermédiaire (une centaine de génotypes et deux environnements) afin d'évaluer la précision des quantifications d'ARN et d'ajuster au besoin certains paramètres du protocole.
2. Appliquer le protocole final afin de caractériser le transcriptome de ~1200 souches de levures (collections de souches mutantes et sauvages déjà établies) dans 7 environnements (7 milieux de cultures).
3. Assurer la documentation et la transmission du savoir-faire sur la technique de microcolony RNA-seq.
4. Quantifier la valeur adaptative (taux de croissance) des ~1200 souches en environnements stables et en environnements fluctuants afin de déterminer comment la sélection agit sur la régulation d'expression des gènes. Pour cela, une approche de culture des ~1200 souches en compétition et de séquençage de code-barres génomiques (BAR-seq) sera mise en œuvre.

Ces missions s'inscrivent au coeur du projet européen eGRIDE (ERC) dont l'ambition est de comprendre les mécanismes d'évolution de la régulation d'expression des gènes en fonction de l'environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l'évolution de la régulation génique dépend d'une part de l'effet des mutations aléatoires – «Quel champ des possibles?», et d'autre part de la sélection – «Quels bénéfices et coûts de la régulation ?». Pour cela, des approches novatrices de séquençage d'ARN à haut débit, de cartographie génétique et de mesure de la prolifération cellulaire en environnements dynamiques seront appliquées à un modèle biologique puissant: la levure S. cerevisiae. Les connaissances acquises sur ce système quantitatif très contrôlé permettront de mieux prédire l'évolution de la régulation des gènes, que ce soit lors de l'adaptation des espèces à leurs environnements naturels qui sont dynamiques ou lors de certains processus pathologiques.

Activités :
Vous serez amené(e) à:
• Finaliser la mise au point du protocole de microcolony RNA-seq qui implique l'encapsulation de cellules de levure dans des billes d'alginate, la culture de microcolonies encapsulées dans différents milieux, le tri des capsules par BioSorter et la préparation de librairies d'ADNc pour l'analyse transcriptomique des microcolonies par NGS.
• Préparer des librairies de microcolony RNA-seq à partir de centaines de génotypes dans différents environnements.
• Réaliser des expériences de compétition et de BAR-seq à partir de populations de cellules génétiquement diverses maintenues en culture par une plateforme robotisée.
• Valider les résultats de microcolony RNA-seq et de BAR-seq par des approches à plus petite échelle focalisées sur des gènes candidats telles que la qPCR et la cytométrie en flux.
• Présenter l'avancée de ces travaux en réunion de laboratoire.
• Participer à la logistique de l'équipe, notamment la gestion des stocks (tâche partagée avec d'autres membres de l'équipe dont le coordinateur du projet).