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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Vous exercerez votre activité au sein de l’équipe Mollicutes de l’UMR Biologie du Fruit et Pathologie à l’INRAE de Bordeaux ( ).L'objectif de l'équipe est de produire des connaissances sur la biologie et l'évolution des Mollicutes ainsi que sur les mécanismes moléculaires qui gouvernent les interactions avec leurs hôtes eucaryotes. Ces connaissances sont la base de développements appliqués visant à contrôler les maladies provoquées par ces bactéries, notamment sur la vigne (phytoplasme de la Flavescence Dorée) et sur les ruminants (mycoplasmes du groupe mycoides).
La Flavescence dorée (FD) est une sévère maladie de la vigne en Europe associée à un phytoplasme et transmise de manière épidémique par une cicadelle Scaphoideus titanus.Il a été montré que les aulnes sauvages constituent le réservoir originel des phytoplasmes de la FD. Ces plantes hébergent des populations de variants génétiques bactériens, propagés par des espèces de cicadelles autres que S. titanus,capables de transmettre occasionnellement certains variants spécifiques à la vigne. Ces transferts de phytoplasmes des aulnes vers la vigne sont à l’origine des toutes premières épidémies de FD en Europe. Notre objectif est de mieux comprendre ces mécanismes d’émergence ainsi que l’influence des communautés d’insectes vecteurs sur la diversité des variants génétiques circulant dans les paysages viticoles. Votre mission consistera à mobiliser des approches de séquençage haut débit afin de caractériser la diversité génétique des phytoplasmes FD présents dans les aulnes et la vigne sur différents sites en France.D’un point de vue appliqué, ces études contribueront à tracer l’origine des cas afin d’agir directement sur les sources d'inoculum tout en permettant de moduler les traitements insecticides selon le potentiel épidémique des variants. Votre travail sera réalisé dans le cadre du projet IMPACT (EcophytoPIC, Epidémiosurveillance, https://ecophytopic.fr/recherche-innovation/prevenir/projet-impact) coordonné par Frédéric Fabre de l’UMR SAVE. Il sera encadré par les deux chercheurs pilotes de l’Action 3 du projet, Xavier Foissac (Directeur de Recherches) et Sylvie Malembic-Maher (Ingénieure de Recherche).
Plus précisément, vous travaillerez sur près de 400 échantillons d’aulnes prélevés dans différentes régions viticoles en France. Vous réaliserez une première caractérisation par PCR en temps réel multiplex afin de détecter les échantillons infectés par des variants de phytoplasmes épidémiques versus non épidémiques. En parallèle, vous serez en charge de la mise au point d’une méthode de caractérisation fine des populations de variants présents dans ces échantillons par séquençage haut débit d’amplicons PCR avec la technique Nanopore. Vous travaillerez en collaboration avec la Plateforme Génome Transcriptome de l’Université de Bordeaux. Vous réaliserez ensuite le développement du pipeline d’analyses des variants issu des données de séquençage. Vous pourrez également épauler le technicien de notre équipe, Pascal Salar, pour l’analyse des séquences Illumina d’échantillons de vignes infectées représentatifs des principaux foyers FD des vignobles français. L’objectif sera de définir un set pertinent de gènes du phytoplasme pour le génotypage et d’identifier des marqueurs de variabilité en s’appuyant sur les données de séquençage de génomes déjà obtenues. Enfin vous travaillerez à la valorisation scientifique des résultats.
Formations et compétences recherchées
Doctorat
Nous recherchons un candidat fortement motivé ayant une thèse de doctorat en microbiologie avec de solides compétences en biologie moléculaire et/ou génétique des populations et souhaitant poursuivre une carrière académique. Une formation ainsi qu’une expérience en analyses bio-informatiques appliquées aux études de génomiques et métagénomique seront un plus. Le candidat devra également maîtriser les méthodes de gestion des données, l’écriture scientifique et présenter de bonnes aptitudes à la communication orale et écrite en anglais.
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.
Modalités pour postuler
J'envoie mon CV et ma lettre de motivation
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr
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