Ingénieur bioinformatique (h/f) - transcriptomique unicellulaire et spatiale

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur bioinformatique (H/F) - Transcriptomique unicellulaire et spatiale
Référence : UMR7275-KEVLEB-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : vendredi 8 août 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 3175 et 3437 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : E - Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Cheffe ou chef de projet / experte ou expert en ingenierie des systemes d'information

Missions

L'IPMC est un centre d'excellence financé par le CNRS, l'INSERM et l'Université Côte d'Azur, qui compte plus de 200 scientifiques, étudiants et personnels de soutien. Ce poste est destiné à un·e biologiste computationnel·le motivé·e pour l'identification de nouvelles thérapies dans les troubles du neurodéveloppement grâce à l'analyse computationnelle de données hautement complexes en transcriptomique spatiale et unicellulaire. Vous serez responsable de la conception et du développement d'un pipeline d'analyse basé sur des méthodes informatiques de pointe pour l'analyse d'expériences de transcriptomiques spatiales basées sur l'analyse d'images.

Activités

•Dans votre nouveau rôle, vous appliquerez des méthodes de pointe pour analyser et intégrer des données de transcriptomique spatiales et unicellulaires afin d'identifier les processus modulés,
•En collaboration avec un groupe d'experts et les plateformes de l’IPMC, vous contribuerez au traitement, au contrôle qualité et à l'annotation des données spatio-cellulaires afin de garantir les plus hauts standards de qualité,
•Vous présenterez les résultats d'analyse aux membres de votre équipe projet et collaborateurs,
•De plus, vous contribuerez au développement des compétences en testant, documentant et discutant les nouvelles méthodes et les nouveaux flux de travail au sein de l’IPMC.

Compétences

•Vous êtes titulaire d'un BAC+5 minimum (ou d'un diplôme d'ingénieur) en bioinformatique, biologie computationnelle, mathématiques ou d'une expérience équivalente, et justifiez d'au moins 12 mois d'expérience sur un poste similaire,
•Expérience en analyse de données spatiales et transcriptomique unicellulaire, idéalement pour des plateformes spatiales basées sur l'analyse d’image (Xenium, Merscope),
•Expérience en analyse statistique de données et en méthodes d'apprentissage automatique pour l'analyse de données omiques selon les principes FAIR,
•Maîtrise de R ou Python, expérience avec le contrôle de version (Github/Bitbucket), les outils de conteneurisation (Docker/Singularity) et les gestionnaires de workflows (Snakemake),
•Excellentes compétences en communication, présentation claire de sujets techniques,
•Capacité à rédiger des rapports de synthèse et à les présenter oralement (en anglais et en français) lors des réunions de projet


Contexte de travail

En étroite collaboration avec l'équipe de recherche, le poste sera intégré au pôle de biologie computationnelle de l'IPMC (CoBiODA) composé de 6 analystes de données multi-omiques produites par les plateformes technologiques de l'IPMC.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.