La prestation consiste à réaliser le support en bio-informatique en relation avec les activités du département des Sciences Analytiques. Cela comprend la participation à la définition des stratégies d’analyse, la mise en place des outils et pipelines, la réalisation des analyses, la validation d’analyses, l’accompagnement des utilisateurs et la rédaction des instructions pour : L’agrégation de pipelines d’analyses existants pour la détermination de l’identité et le séquençage de plasmides à partir des données de génomique ; L’identification des micro-organismes utilisés dans les procédés de fabrication à partir de données de séquençage à haut débit ; La maintenance des pipelines d’analyse existants ; L’accompagnement ou le transfert des pipelines développés aux seins d’autre équipes. Les principales activités sont détaillées ci-dessous : Participer à la mise en place dans un environnement cloud d’une plateforme de stockage des pipelines d’analyse bio-informatiques ainsi que des solutions de calcul computationnel nécessaires au service ; Mettre en place les pipelines d’analyses bio-informatiques sous Snakemake pour l’analyse des données issues de plateforme HTS (Illumina et Oxford Nanopore) pour une analyse simplifiée par les techniciens de laboratoire ; Réaliser le criblage et l’évaluation des différents outils d’analyse à partir de jeux de données de séquençage existants ; Aider dans la gestion des données de séquençage ; Mettre à jour les instructions d’utilisation des pipelines d’analyse ; Assurer la formation des équipes de techniciens de laboratoire ; Participer à la qualification des équipements lié au séquençage et des méthodes analytiques sur la partie bio-informatique (rédaction de protocole, réalisation des analyses, rédaction de rapport et analyse de risque) ; Assurer l’analyse des lots GMP et non GMP. Diplome : Ingénieur / Master HTS (High-Throughput Sequencing) : Maîtrise des outils de QC, Trimming, Expérience en Cloud computing et/ou calcul GPU. Analyse Prédictive : Annotation de génome, analyse structurale computationnelle, etc. Maîtrise des environnements Unix/Linux (bash). Scripting/Workflow : Maîtrise d'un langage de scripting ( Snakemake, Python, R, Rust, bash ). Connaissance des outils de visualisation (IGV/jBrowse) ou d'analyse (CLCGenomicsWorkbench/Geneious). Langue : Avoir un bon niveau d'anglais. Connaissance de la Génomique bactérienne ou de la transcription des cellules eucaryotes. ENOVALIFE c'est avant tout la CRO du groupe Orange avec plus de 400 collaborateurs en France et en Europe. C'est aussi une CRO experte depuis plus de 20 ans sur les métiers des Life Sciences, qui accompagne des laboratoires pharmaceutiques, de biotechnologie, cosmétiques et les concepteurs de dispositifs médicaux sur le cycle de développement et de vie du produit et/ou du médicament. Nous rejoindre, c'est rejoindre une équipe Great Place To Work avec les avantages du groupe Orange et la souplesse d'une équipe à taille humaine !
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